Ubuntu14.04安装mlpy（机器学习库）---python

Ubuntu14.04安装mlpy（机器学习库）---python

1、mlpy安装要求

（1）需要先安装配置好以下软件：

• GCC
• Python且版本>= 2.6或为 3.X
• NumPy且版本>= 1.3.0
• SciPy 且版本>= 0.7.0
• GSL 且版本>= 1.11

mlpy下载地址：http://sourceforge.net/projects/mlpy/files/

这里下载：mlpy-3.5.0.tar.gz安装包。

（2）GSL

GSL(GNU Scientific Library)作为三大科学计算库之一，除了涵盖基本的线性代数，微分方程，积分，随机数，组合数，方程求根，多项式求根，排序等，还有模拟退火，快速傅里叶变换，小波，插值，基本样条，最小二乘拟合，特殊函数等。

GSL源码包提供了以下二进制包：

• gsl-bin：GNU Scientific Library (GSL) -- binary package
• libgsl0-dbg: GNU Scientific Library (GSL) -- debug symbols package
• libgsl0-dev: GNU Scientific Library (GSL) -- development package
• libgsl0ldbl: GNU Scientific Library (GSL) -- library package

GSL下载地址：http://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/gsl/

使用gsl-2.1.tar.gz安装包

安装过程：

$tar -zxvf gsl-2.1.tar.gz 
$cd gsl-2.1
$sudo ./configure
$sudo make
$sudo make install

执行 make install 时，会自动将动态库和头文件分别拷贝到/usr/local/lib和 /usr/local/include 下面

2、安装

mlpy官方文档安装方法：

（1）解压mlpy与安装

	$tar -zxvf mlpy-3.5.0.tar.gz 
	$sudo python setup.py install 

假设GSL头文件和库文件没有安装在系统的标准位置，在这种情况下，mply的安装方式如下：

$python setup.py build_ext --include-dirs=/path/to/header --rpath=/path/to/lib  
$python setup.py install 

如果GSL安装在标准位置，则只需要运行上述命令中的最后一行。

3、测试

pca.py代码：

#!/usr/bin/env python
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import mlpy
np.random.seed(0)
mean, cov, n = [0, 0], [[1,1],[1,1.5]], 100
x = np.random.multivariate_normal(mean, cov, n)
pca = mlpy.PCA()
pca.learn(x)
coeff = pca.coeff()
fig = plt.figure(1) 
plot1 = plt.plot(x[:, 0], x[:, 1], 'o')
plot2 = plt.plot([0,coeff[0, 0]], [0, coeff[1, 0]], linewidth=4, color='r')
plot3 = plt.plot([0,coeff[0, 1]], [0, coeff[1, 1]], linewidth=4, color='g') 
xx = plt.xlim(-4, 4)
yy = plt.ylim(-4, 4)
z = pca.transform(x, k=1) 
xnew = pca.transform_inv(z) 
fig2 = plt.figure(2)
plot1 = plt.plot(xnew[:, 0], xnew[:, 1], 'o')
xx = plt.xlim(-4, 4)
yy = plt.ylim(-4, 4)
plt.show()

利用python pca.py运行报错：

错误描述：

Traceback (most recent call last):
  File "pca.py", line 4, in <module>
    import mlpy
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/mlpy/__init__.py", line 18, in <module>
    import gsl
ImportError: libgsl.so.19: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方法：将/usr/local/lib/目录下的libgsl.so.19库复制到/usr/lib/目录下问题解决。

命令：$sudo cp libgsl.so.19/usr/lib/

最终的运行结果如下图：