Runtime引发的线程问题

以前没用过在本地执行命令行程序，这次项目中涉及到blast算法问题，要用到blast算法本地化命令行指令的调用，所以必须得用到Runtime，来执行命令行程序，执行这个程序会返回一个xml文件，随后我要对其解析返回结果。然后，每次命令行程序执行完后，去读其生成的xml文件，总说找不到，而本地却已经生成了这个文件，控制也显示生成这个文件成功，刚开始都以为是IO读取问题，因为每次我关掉后，本地生成文件就会出问题，我就很疑惑，然而在main方法里就本类的测试也没有问题，调试模式下也没有问题，结果都是正确的，这下就把我蒙了，难道是线程冲突，我开始这么认为，但总认为我的程序应该是单线程的，除非blast会另起线程，最后经过测试和会析结果终于将问题锁定在runtime这里，原来runtime，执行exec时会另起一个单独的线程执行命令行程序，这样程序中两个线程导致读写错误。解决方法是让当前线程在runtime线程执行完后再继续执行，简单代码如下：

Runtime r= Runtime.getRuntime();  
Process process = r.exec(command);  
process.waitFor();

process.waitFor()就是导致当前线程等待，也就是当前线程一直要等到process表示的进程终止。