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前端模块工作情况
- 前端完成DNA/RNA/Protein序列模型训练、DNA/RNA/Protein序列分析预测两个核心模块——林弘毅
- 前端引入3Dmol,并完成最后部分的交互可视化——蒋一
DNA/RNA/Protein序列模型训练组件
本组件主要任务是完成DNA等生物大分子的结构模型训练的参数传递、大分子序列传递以及训练模型的选择、进度邮件的发送等与大分子训练表单所相关的数据收集、传递给后端。
表单结构较为复杂,涉及到很多参数的设置、模型的选择。主要的思路还是按照输入数据的类型,将表单项总结为一个新的对象,按照对象的结构将数据传递给发送后端请求的模块,完成对后端的数据传递。
DNA/RNA/Protein序列分析预测组件
本模块的目的在于用户输入已知DNA序列,通过选择平台上现存的DNA模型(可以是用户自己使用上文中序列模型训练模块训练出来的模型,也可以是使用其他人或本平台提供的模型),让平台使用此模型对输入序列进行分析、预测其特性。
本模块的表单数据也很复杂,包括了序列输入、模型选择这两个重要的功能点
此表单包含模型选择、序列上传两个重要功能,是生物工作者使用本平台的最重要模块(生物工作者不需要AI模型,只需要此模型对未知序列的分析结果)
组件总结
此类模块的设计是整个前端UI设计的难点,也是整个项目参数最复杂的部分。前后端需要对参数传递的格式、内容、名称、类型等等进行有效地规定与约束,才能尽可能快地完成前后端的连接交互。前端能做的就是将UI设计尽可能完善,给用户一个良好的使用体验;将表单数据按照一定的格式整理收纳,并传送给后端。
3Dmol
- 创建 3DMol 实例
- 添加一个球体,设置相机,渲染场景,然后添加缩放。
- 制作HTML将js和3D查看器属性作为一个独立的HTML当成一个查看工具
- 嵌入前端项目
最后应用此模块实现蛋白质氨基酸序列的可视化操作
后端工作情况
grpc项目
- go.mod
- proto
shop.proto
根据proto文件生成go文件 - service
ProdService.go - server
server.go - client
client.go
利用Django搭建部分后端服务
- 新建Django新项目
- 书写一个简单的接口
配置路由、配置跨域 - 接入MySQL数据库
创建对象模块、填加数据(insert)、删除数据(delete)、修改数据(update)、查询数据(select) - 服务器部署
python端工作情况
Model函数
- Model简化
- IO manager
模型代码
- Reformer
- Performer