项目实训-智能生物序列分析平台-项目工作总结6

前端模块工作情况

  1. 前端完成DNA/RNA/Protein序列模型训练、DNA/RNA/Protein序列分析预测两个核心模块——林弘毅
  2. 前端引入3Dmol,并完成最后部分的交互可视化——蒋一

DNA/RNA/Protein序列模型训练组件

本组件主要任务是完成DNA等生物大分子的结构模型训练的参数传递、大分子序列传递以及训练模型的选择、进度邮件的发送等与大分子训练表单所相关的数据收集、传递给后端。
表单结构较为复杂,涉及到很多参数的设置、模型的选择。主要的思路还是按照输入数据的类型,将表单项总结为一个新的对象,按照对象的结构将数据传递给发送后端请求的模块,完成对后端的数据传递。

DNA/RNA/Protein序列分析预测组件

本模块的目的在于用户输入已知DNA序列,通过选择平台上现存的DNA模型(可以是用户自己使用上文中序列模型训练模块训练出来的模型,也可以是使用其他人或本平台提供的模型),让平台使用此模型对输入序列进行分析、预测其特性。
本模块的表单数据也很复杂,包括了序列输入、模型选择这两个重要的功能点
此表单包含模型选择、序列上传两个重要功能,是生物工作者使用本平台的最重要模块(生物工作者不需要AI模型,只需要此模型对未知序列的分析结果)

组件总结

此类模块的设计是整个前端UI设计的难点,也是整个项目参数最复杂的部分。前后端需要对参数传递的格式、内容、名称、类型等等进行有效地规定与约束,才能尽可能快地完成前后端的连接交互。前端能做的就是将UI设计尽可能完善,给用户一个良好的使用体验;将表单数据按照一定的格式整理收纳,并传送给后端。

3Dmol

  1. 创建 3DMol 实例
  2. 添加一个球体,设置相机,渲染场景,然后添加缩放。
  3. 制作HTML将js和3D查看器属性作为一个独立的HTML当成一个查看工具
  4. 嵌入前端项目
    最后应用此模块实现蛋白质氨基酸序列的可视化操作

后端工作情况

grpc项目

  1. go.mod
  2. proto
    shop.proto
    根据proto文件生成go文件
  3. service
    ProdService.go
  4. server
    server.go
  5. client
    client.go

利用Django搭建部分后端服务

  1. 新建Django新项目
  2. 书写一个简单的接口
    配置路由、配置跨域
  3. 接入MySQL数据库
    创建对象模块、填加数据(insert)、删除数据(delete)、修改数据(update)、查询数据(select)
  4. 服务器部署

python端工作情况

Model函数

  1. Model简化
  2. IO manager

模型代码

模型

  1. Reformer
  2. Performer
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