如何用Bash遍历文本文件的每一行

问：

如何用 Bash 遍历文本文件的每一行?

使用这个脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上得到了如下输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（稍后我想用 $p 做一些更复杂的事情，而不仅仅是输出到屏幕上。）

环境变量 SHELL 是(来自 env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version 输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version 输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件 peptides.txt 包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

---

答：

一种方法是:

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的，这样做有删除前导空格、解释反斜杠序列，以及在缺少换行符时跳过最后一行的副作用。如果存在这些问题，你可以这样做:

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下，如果 [循环体从标准输入读取数据][1]，你可以使用不同的文件描述符打开文件:

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

在这里，10 只是一个任意数(不同于 0、1、2)。

-r 禁用将反斜杠解释为转义序列。

空的 IFS 禁用 read 将行拆分为字段。

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参考：

• stackoverflow question 1521462
• [1]: https://unix.stackexchange.com/questions/107800/using-while-loop-to-ssh-to-multiple-servers

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