这个问题困扰了我很久
后来在官网上找到了问题答案
http://forum.jquery.com/topic/file-upload-ajaxsubmit-sends-response-to-wrong-window-in-ie
具体的解决方法如下:
在保存文件的java代码中加入如下代码:
response.setStatus(HttpServletResponse.SC_OK);
response.setContentType("text/html");
response.getOutputStream().println(results.asJSON(id).toString());
问题搞定