MATLAB分子三维结构的可视化

泛数是含有76个氨基酸的小蛋白，能够在所有的真核细胞中找到，并且在物种间具有很好的保守性。通过对各种蛋白质的翻译后修饰，泛数参与了多种生物学进程，包括蛋白质降解、蛋白质运输、DNA修复和基因调控等。由于在细胞中广泛参与多个基本过程，泛数已成为未来在序列、细胞和功能水平上研究的焦点。
通过从PDB数据库下载泛数的晶体文件结构文件，可以查看泛数的三维结构并用molviewer函数对其进行显示。默认情况下，蛋白质结构中的每个原子结构表示为一个球，每个连接表示一个棒。通过拖拽蛋白或者在脚本控制台中输入Rasmol命令，可以旋转或者操控蛋白质结构。
load(‘ubilikedata.mat’,‘ubi’)
h1=molviewer(ubi);
evalrasmolscript(h1,‘select all;wireframe 100;background black;’);

load bc_train_filtered
bcTrainData
load bc_proggenes231
[tf,idx]=ismember(bcProgGeneList.Accession,bcTrainData.Accession);
progValues=bcTrainData.Log10Ratio(idx,:);
progAccession=bcTrainData.Accession(idx);
progSamples=bcTrainData.Samples;
progValues=progValues([1:35 197:231]😅;
progAccession=progAccession([1:35 197:231]);
cg_s=clustergram(progValues,‘RowLabels’,progAccession,‘ColumnLabels’,progSamples,‘Cluster’,‘Row’,‘ImputeFun’,@knnimpute)

生物信息学分析与实践----刘伟、孙志强和杨森【M】北京：中国工信出版社与电子工业出版社