李纯明博士的RSF算法源码.水平集医学图像分割

图像预处理

首先吧nii格式转png,取出单张切片实验,把图像灰度值转到0-255.

import os
import cv2
from medpy.io import load,save
import numpy as np


def label_seg(nii_path, save_folder):

    data_nii_path = nii_path + '\File3'        # 存放原始CT数据

    file_list = os.listdir(data_nii_path)      # 批量处理

    for nii_data in file_list:

        data, header = load(os.path.join(data_nii_path, nii_data))   # 加载nii文件
        img, header1 = load(os.path.join(data_nii_path, nii_data.replace('segmentation', 'volume')))
        # str.replace(old,new)用new替换old（字符串）

        # 加窗处理，过滤掉过于的组织
        img[img > 250] = 250
        img[img < -250] = -250

        stomach = np.zeros(data.shape)         # 创建一个全为0的矩阵，形状与加载的nii文件大小一样


        img_name = os.path.split(nii_data)     # 分离文件名，用以保存时的文件名前缀
        '''
         split() 通过指定分隔符对字符串进行切片，如果参数 num 有指定值，则分隔 num+1 个子字符串
         s