- 第一步高精度优化原子位置
2.把优化好的CONTCAR复制为POSCAR并扩胞,这里扩4x4x1
phonopy -d --dim="4 4 1"
生成的文件如下
SPOSCAR:原子未做移动的m×n×l超胞文件
disp.yaml:原子移动信息
POSCAR-{number}:原子移动后的超胞文件
3.准备计算的文件夹
准备好KPOINTS,POTCAR,VASP运行文件与优化时相同。
注意1:准备INCAR做如下修改,同时由于扩胞的原因要注意修改磁性中的MAGMOM:
注意2:应该尝试减少KPOINTS
网格密度(将会大幅度减小计算时间以及出错的概率,同时也能减少 vasprun.xml
的大小从而降低 phonopy
的运算时间)K点本处采用4×4×1
IBRION = -1
NSW = 0
MAGMOM = 16*8 32*0
然后将POSCAR-{00*}复制到{00*}文件夹后重命名为POSCAR,同时复制INCAR等文件进{00*}文件夹,就可开始计算。可用以下sh脚本快速进行:手动修改第一行文件夹数目和vasp运行文件名称。
for i in {001..012}
do
mkdir $i
cd $i
cp ../POSCAR-$i POSCAR
cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR,2vasp.sh} .
sbatch 2vasp.sh
cd ../
done
4.计算后处理
准备band.conf文件
ATOM_NAME = GdI2
DIM = 4 4 1
BAND = 0 0 0 1/2 0 0 1/3 1/3 0 0 0 0
FORCE_CONSTANTS = WRITE
第一行:随意填写结构名称。
第二行:写出扩胞的倍数m n 1
第三行:是高对称点,可以从MS或vaspkit-302(二维材料)中获取。
第四行:有限位移法改为FORCE_CONSTANTS = WRITE
运行以下命令获得band.dat文件和图片。把band.dat中的数据拖入origin中画图。
#1. 提取力常数,得到FORCE_CONSTANTS文件
phonopy -f {001..012}/vasprun.xml
#2.读取band.conf文件信息。
phonopy --dim="4 4 1" -c POSCAR band.conf
#3. 将声子谱进一步输出为数据文件,用于其它软件画图。
#旧版本phonopy
bandplot --gnuplot> phonon.out
#新版本phonopy(上一个报错可用这个)
phonopy-bandplot --gnuplot > band.dat
#4.生成声子谱图像并保存为pdf格式
phonopy -c POSCAR -p -s band.conf
提示:这几行命令可以做成一个sh后缀文件一起运行。也可按先后复制运行。
结果如下图所示
消虚频的方法:
1.DFPT方法与有限位移法互换尝试。
2.扩胞,在虚频很小时可以尝试扩大扩胞倍数。
3.提高精度优化后计算声子谱。声子谱对力的精度要求特别高,所以提高精度多次优化后再计算声子谱也是可行的。
4.修改POTCAR,尝试不同的赝势方法。(不太建议,因为需改之后所有计算都需要统一成稳定构型的赝势。)
5.修改POSCAR原子坐标,再优化,再计算声子谱。
修改方法:对于DFPT计算的声子谱,使用grep cm-1 OUTCAR查看频率,寻找最大的虚频频率。