有限位移法算声子谱以二维GdI2为例

1. 第一步高精度优化原子位置

2.把优化好的CONTCAR复制为POSCAR并扩胞，这里扩4x4x1

phonopy -d --dim="4 4 1"

生成的文件如下
SPOSCAR：原子未做移动的m×n×l超胞文件
disp.yaml：原子移动信息
POSCAR-{number}：原子移动后的超胞文件

3.准备计算的文件夹
准备好KPOINTS,POTCAR,VASP运行文件与优化时相同。

注意1：准备INCAR做如下修改,同时由于扩胞的原因要注意修改磁性中的MAGMOM：

注意2：应该尝试减少KPOINTS网格密度(将会大幅度减小计算时间以及出错的概率，同时也能减少 vasprun.xml 的大小从而降低 phonopy 的运算时间)K点本处采用4×4×1

IBRION = -1
NSW = 0
MAGMOM = 16*8 32*0

然后将POSCAR-{00*}复制到{00*}文件夹后重命名为POSCAR，同时复制INCAR等文件进{00*}文件夹，就可开始计算。可用以下sh脚本快速进行：手动修改第一行文件夹数目和vasp运行文件名称。

for i in {001..012}
do 
mkdir $i
cd $i
cp ../POSCAR-$i POSCAR
cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR,2vasp.sh} .
sbatch 2vasp.sh
cd ../
done

4.计算后处理
准备band.conf文件

ATOM_NAME = GdI2
DIM = 4 4 1

BAND = 0 0 0  1/2 0 0  1/3 1/3 0  0 0 0
FORCE_CONSTANTS = WRITE

第一行：随意填写结构名称。
第二行：写出扩胞的倍数m n 1
第三行：是高对称点，可以从MS或vaspkit-302（二维材料）中获取。
第四行：有限位移法改为FORCE_CONSTANTS = WRITE

运行以下命令获得band.dat文件和图片。把band.dat中的数据拖入origin中画图。

#1. 提取力常数，得到FORCE_CONSTANTS文件
phonopy -f {001..012}/vasprun.xml

#2.读取band.conf文件信息。
phonopy --dim="4 4 1" -c POSCAR band.conf

#3. 将声子谱进一步输出为数据文件，用于其它软件画图。
 #旧版本phonopy
 bandplot  --gnuplot> phonon.out
 #新版本phonopy（上一个报错可用这个）
 phonopy-bandplot --gnuplot > band.dat
  
#4.生成声子谱图像并保存为pdf格式
phonopy  -c POSCAR -p -s band.conf

提示：这几行命令可以做成一个sh后缀文件一起运行。也可按先后复制运行。

结果如下图所示

消虚频的方法：

1.DFPT方法与有限位移法互换尝试。
2.扩胞，在虚频很小时可以尝试扩大扩胞倍数。
3.提高精度优化后计算声子谱。声子谱对力的精度要求特别高，所以提高精度多次优化后再计算声子谱也是可行的。
4.修改POTCAR，尝试不同的赝势方法。（不太建议，因为需改之后所有计算都需要统一成稳定构型的赝势。）
5.修改POSCAR原子坐标，再优化，再计算声子谱。
修改方法：对于DFPT计算的声子谱，使用grep cm-1 OUTCAR查看频率，寻找最大的虚频频率。

以上步骤参考https://mp.weixin.qq.com/s/vg8u_-pnUSwK6QTRdvAkGA?search_click_id=903362082467174033-1721269650520-6984164200

https://blog.csdn.net/tiandijunhao/article/details/110622248?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522172127057616800175792683%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334..%2522%257D&request_id=172127057616800175792683&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~baidu_landing_v2~default-2-110622248-null-null.142^v100^pc_search_result_base8&utm_term=%E6%9C%89%E9%99%90%E4%BD%8D%E7%A7%BB%E6%B3%95%E7%AE%97%E5%A3%B0%E5%AD%90%E8%B0%B1&spm=1018.2226.3001.4187