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RSS订阅原创 安装R包有感之archR
继续 install.packages(c(‘gert’,‘systemfonts’, ‘textshaping’,‘ragg’,‘usethis’, ‘pkgdown’))然后逐步安装需要的包就可以了，注意有些通过cran有些通过bioconductor有些通过remote_github下载安装，可以复制问问AI再分批安装。解决，继续install.packages(c(‘textshaping’,‘ragg’,‘pkgdown’))，然后就可以安装devtools了。总之就是要耐心解决。
2026-01-20 17:19:44
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原创 git定时自动备份
只需要一个提交的脚本和记录文件，用crontab定时运行就可以。比如远程前面已经添加好远程仓库是origin，本地和远程需要提交的分支都叫hpc-scripts。HPC的MV命令出问题，用mv移动了文件后导致文件直接消失。自认倒霉，尝试了怎么给脚本设置定时备份到云端。【placeholder：之前看过github开发者写的书，很巧妙的设计，后续再把内容补充上来】可以参考git的cheatsheet，这里只放常用的。之后sh测试一下这个脚本，然后就可以定时运行了。这个世界就是个巨大的草班台子。
2026-01-19 15:48:51
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原创 harmony 报错：incompatible matrix dimensions
然后再安装harmony就可以了。之后harmony就没有报错了。运行harmony时候出现。
2026-01-04 10:48:17
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原创 win10 vscode代码环境配置
又换了新的工作环境，这次用的window，有一段时间没用win系统了，之前的mac环境不能直接搬运，所以很多配置工作需要重新做。仅以此记录关键内容。
2025-12-10 13:50:10
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原创 富集分析-GO/KG/GSEA/GSVA分析
想象你有一张“基因表达排名图”，基因集内的基因在图上有一组点，基因集外的基因有另一组点。如果基因集内的基因在高表达区聚集，曲线会明显高于基因集外的曲线，说明该基因集在该样本中活跃度高。GSEA 首先会将基因在样品中的差异倍数值（logFC）由大到小排序，然后判断来自功能注释等预定义的基因集或自定义的基因集中的基因是富集在这个排序列表的顶部还是底部。对样本中基因表达的排名分布进行估计，得到表达的连续分布曲线。然后计算基因集的富集分值：比如mitophagy基因集，对目的基因集内/目的基因集外的基因的。
2025-12-09 09:20:59
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原创 Amplicon Sequencing-菌群分析
得到的双端Reads根据index进行样本拆分后，QC过滤拼接得到序列文件可以与微生物对应的片段数据库（比如16S rRNA数据库）比对，注释物种及组成，以及更多下游分析如α多样性分析、β多样性分析、物种差异分析、关联与网络分析和功能预测分析等。不同分组中共同的微生物进行差异分析，找到不同组间在丰度上有显著性差异的物种。常用的有PICRUSt2，基于系统发育关系和已知基因家族的功能，推断样本中微生物的功能潜力（“功能”通常指的是基因家族），其核心假设是：系统发育上相近的微生物，功能基因的组成相似。
2025-11-09 16:40:01
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原创 scRNAseq从上游到下游分析
单个细胞，用微流控芯片生产油包水的液滴，将细胞、带有唯一 “细胞条形码（Cell Barcode）” 的凝胶珠（Gel Bead）、反应试剂共同包裹在单个纳米级液滴中，每个液滴即为一个 “单细胞反应单元”，通过条形码区分不同细胞的核酸信号。测序后的文件一般是fq.gz文件，比如每个组有cDNA（转录组表达量）和oligo（引物或标签序列，用于区分细胞或样本），有些单细胞技术（如CITE-seq、MULTI-seq）会同时测定mRNA（cDNA）和蛋白/标签（oligo），以获得更丰富的细胞信息。
2025-11-09 11:46:33
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原创 TMB/TNB分析
TMB计算的体细胞突变包括点突变和插入/缺失突变，去除驱动突变（Driver Mutation，与肿瘤治疗、诊断、预后密切相关的突变，包括热点突变、药物靶点突变、癌基因功能激活突变和抑癌基因功能失活突变）。Clonal TNB 水平高的肿瘤患者，代表其肿瘤细胞表面的肿瘤新生抗原数量越多，免疫细胞能对肿瘤细胞产生更有效的杀伤作用，预示着 TNB 水平高的肿瘤患者，能对免疫检查点抑制剂药物有更好的治疗响应。TMB和TNB的数据可以直接来自TCGA，也可以参考其他的已报道相关文章的附件。
2025-10-29 19:21:51
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原创 vscode jupyter extension activation fail
vscode安装不久，extension只安装了copilot和python的extension，但是运行ipynb时候无法选择kernel，显示激活失败。安装提示打开开发码又看不懂。试了网上很多教程，重装重启，换pre-release version，彻底删除 /.vscode/extension 中的相关文件之后有不能重装，折腾了一个多小时还是没有解决。，说completely uninstall 后再重装可以解决。果然重装能解决很多问题。
2025-09-29 11:43:40
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原创 Crispr-screening测序后文件处理流程
本文记录了使用MAGeCK工具分析CRISPR筛选测序数据的完整流程。首先介绍了通过conda安装Mageck的环境搭建方法。随后详细说明了数据处理步骤：1）准备sgRNA文库文件；2）对fastq测序文件进行计数分析；3）使用test方法进行差异分析（viso vs ctrl组）。文章特别强调了MD5校验的重要性，并对比了control组与plasmid组的区别。最后提到使用MAGeCKFlute进行下游分析时遇到的版本兼容问题及解决方案。整个流程涵盖了从原始数据到差异分析的关键步骤，为CRISPR筛选数
2025-09-22 23:10:09
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原创 conda init后环境激活依然失败
首次安装conda，准备python环境时候激活失败，这个问题遇到过好几次：根据GPT4的建议解决了zsh 环境下 conda 初始化问题环境配置文件应为~/.zshrc，但当前系统缺少该文件导致报错（新电脑还没有配置，刚上服务器时也可能遇到这种问题就是conda 没有正确配置）。以下是具体解决方法：创建~/.zshrc。
2025-09-20 18:42:10
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原创 inferCNV 安装时找不到rjag
单细胞注释中区分恶性细胞时，若无正常组织对照，可使用免疫细胞和间质细胞作为参考。inferCNV是常用方法之一。安装过程中遇到R找不到rjags文件路径的问题（Mac系统），解决方案：1. 已安装rjags但R仍搜索/usr/local/lib目录；2. 设置环境变量无效后，通过建立软连接成功解决路径定位问题。该问题涉及R包调用时的系统路径识别差异。
2025-09-20 18:23:29
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原创 vite+vue3+ExpressJS开发到部署技术流程记录
本文总结了使用Vue3进行网页开发的完整技术流程。前端采用Vite搭建Vue3脚手架，使用组合式API和Pinia状态管理，配置代理解决跨域问题。后端使用ExpressJS和MongoDB数据库，通过REST API与前端交互。部署环节包括服务器配置、数据库安装、Nginx反向代理设置，以及使用PM2进行进程管理。文章详细记录了开发过程中遇到的各种技术问题和解决方案，如跨域处理、数据库认证、静态资源路径等，为前后端分离项目开发提供了完整的实践参考。
2025-08-04 14:06:42
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空空如也
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