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原创 基于Fluent和深度学习算法驱动的流体力学计算与应用

案例实践:利用Neural ODE求解特定流体(多体问题)(案例数据代码提供给学员)案例实践:方腔流、圆柱绕流、小球入水的Fluent求解流程(案例文件提供给学员)3、分别基于卷积神经网络(CNN)和生成对抗网络(GAN)的流场超分辨案例与实战。案例实践:Python编程伪谱法求解NS方程(案例数据与代码提供给学员)案例实践:Python编程实现反向追踪算法(案例数据代码提供给学员)2、深度学习模型求解可压缩流体力学方程(案例数据代码提供给学员)1、梯度下降算法的Python实现(案例数据代码提供给学员)

2024-05-27 14:44:27 557

原创 智能算法驱动的光子学设计与应用

案例分析与实践:基于VAE的自由形状超表面结构设计,Advanced Materials 31 (35), 1901111(2019), SCIENCE CHINA, 63(8), 1-8 (2020)案例分析与实践:基于多算法融合的多功能超表面设计,Advanced Materials 34 (16), 2110022, 2022。多算法融合在多功能超表面设计中的作用,如性能提升、设计优化等。基于VAE的设计流程,如数据准备、模型训练、结构生成等。

2024-05-20 17:51:26 1412 1

原创 深度学习驱动的流体力学计算与应用

2、前沿文献的解读,如SORA技术、风乌技术等,了解人工智能技术在流体力学领域的最新进展,保持学术前沿性。3、基于多层感知机(MLP)的民航超临界机翼气动性能预测(数据与代码提供给学员)2、运用深度强化学习进行离散动作空间/连续动作空间的优化(数据与代码提供给学员)2、了解并掌握GAN、DNN、CNN等深度学习技术在流场重构与预测中的应用。3、基于python语言的CFD数据后处理(数据与代码提供给学员)2、基于深度强化学习的矩形柱体主动流动控制(数据与代码提供给学员)

2024-05-17 18:10:23 493 1

原创 ABAQUS复合材料建模技术与应用

7.2.基于MATLAB与Python的参数化建模与脚本编程(实例)1.3.复合材料层结构建模方法(壳单元、连续壳单元及多层实体单元)3.1.基于虚裂纹闭合技术(VCCT)的分层扩展模拟(实例)5.2.颗粒增强金属基复合材料结构建模、胞元分析技术(实例)6.5.复合材料加筋板低速冲击过程模拟与剩余强度计算(实例)5.3.短纤维增强复合材料结构建模、胞元分析技术(实例)7.4.基于接口子程序的材料弹塑性与粘弹性分析(实例)4.复合材料加筋板静载荷分析与承载能力预测。4.4.复合材料层合板剪切失效模拟(实例)

2024-04-16 10:55:36 204

原创 一:高通量虚拟筛选技术与中药/天然产物挖掘药效分子专题

实例讲解与练习:新冠病毒的表面刺突糖蛋白S蛋白(PDB ID-6VSB)高通量虚拟筛选实操,三轮分子对接大规模筛选的化合物库(高通量-标准精度-高精度)。实例讲解与练习:人周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)与抑制剂staurosporine的复合物结构1AQ1为例。(2)人钠依赖性葡萄糖协同转运蛋白2(hSGLT2)的同源建模及加膜处理。(2)人钠依赖性葡萄糖协同转运蛋白2(hSGLT2)同源建模。(1)以PDB编号为1FJS的蛋白结构中的共结晶配体进行实操。

2023-09-05 16:50:01 196 1

原创 CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-

(5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用。(5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用。(5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用。(5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用。( 1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图。(1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图。

2023-07-03 17:37:07 413 1

原创 NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题

6.3 基础分析脚本,例如:能量平衡,RMSD,RMSF,氢键分析,SASA,回 转半径等。目标:了解NAMD软件,掌握NAMD安装环境,了解Linux语言。目标:以文献为例,复现工作中重要分析手段,加深同学对本方向的理解。主要知识点:11案例:水分子在碳纳米管中迁移渗透模拟。内容:八:NAMD在生物技术计算中的应用实例。内容:七:沿着反应坐标的自由能计算:ABF。内容:九:NAMD在材料计算中的应用。

2023-07-03 15:36:57 259 1

原创 Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题

教学目标:了解Rosetta封装好的应用(以relax为例)和RosettaScript编写应用(以pack/min/pack为例)。教学目标:熟悉RosettaScript开发流程,了解序列与结构设计原理,完成从头蛋白质设计的操作练习。教学目标:能够使用vim编辑器简单编辑文件,能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。主要知识点:7Translat和rotation mover。教学目标:了解本方向内容、理论基础、研究意义。教学目标:了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。

2023-07-03 15:14:56 175 1

原创 AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题

教学目标:引导初学者了解本方向中经典工作,复现工作中重要分析手段,加深同学对本方向的理解。教学目标:熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写,能够独立完成体系动力学之前的准备工作。教学目标:从能量角度出发,分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理,对实验提供理论指导。教学目标:分子动力学流程,AMBER软件动力学原则,完成分子动力学模拟的操作练习。教学目标:从动力学模拟出的构象出发,洞悉构象转变,解释实验想象,预测实验结果。教学目标:如何确立研究对象,熟悉蛋白数据库的使用,如何对研究对象建模。

2023-07-03 14:44:21 145 1

原创 gaussian理论化学计算初级进阶高阶文献解读

12 Gaussian文献I: 聚集诱导荧光(AIE)和激发态分子内质子转移(ESIPT)(文献:ACS Materials Lett. 2022, 4, 3, 487–496 )9.4结合能(Binding Energy)和相互作用能(包含BSSE修正,色散修正等)7Gaussian进阶操作II:——各类光谱计算及绘制(均含操作实例)11.4 常见基组特点及用法选择 (自定义基组等,基组重叠误差等)5.4电子密度、静电势计算及绘制(SCF、ESP)5Gaussian专题操作Ⅱ: (均含操作实例)

2023-06-13 11:01:26 553 1

原创 lammps初级:石墨烯、金属材料、纳米流体、热传导、多成分体系、金属、半导体材料的辐照、自建分子力场、MOFS、H2/CO2混合气体等模拟

(石墨烯、金属材料模拟专题) 2 LAMMPS进阶实例操作,理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型,举一反三提高学习效率。实例操作:VMD中查看可视化的动态轨迹,计算密度分布,分子的MSD等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析。(纳米流体模拟专题) 3 LAMMPS进阶实例操作,理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型,举一反三提高学习效率。(热传导模拟专题) 4 LAMMPS进阶实例操作,理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型,举一反三提高学习效率。

2023-06-12 14:38:28 1757

原创 Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

教学目标:了解Rosetta封装好的应用(以relax为例)和RosettaScript编写应用(以pack/min/pack为例)。教学目标:熟悉RosettaScript开发流程,了解序列与结构设计原理,完成从头蛋白质设计的操作练习。教学目标:能够使用vim编辑器简单编辑文件,能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。教学目标:了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。教学目标:熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令。教学目标:了解本方向内容、理论基础、研究意义。

2023-05-05 17:23:38 1010 1

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