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RSS订阅原创 Denovo design of protein structure and function with RFdiffusion阅读心得
该文介绍了蛋白质结构预测中的两个关键概念：1）diffused residue frames，指用4×4矩阵表示氨基酸空间信息的加噪残基坐标系；2）self-conditioning（自条件化），指在扩散模型中利用上一轮预测结果指导当前去噪过程的技术。作者阐述了自条件化如何通过逐步优化结构和利用上下文信息，提高蛋白质结构预测的准确性。文章是作者的学习笔记，旨在分享知识并欢迎指正。
2025-10-24 20:02:27
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原创 Generative artificial intelligence for de novo protein design（综述）阅读心得
本文分享了蛋白质计算相关的基础概念和学习心得。主要内容包括：1）蛋白质适应度景观（Proteinfitnesslandscapes）和构象景观（conformationallandscapes）模型；2）语言模型（LLM/PLM）在蛋白质设计中的应用；3）蛋白质翻译后修饰（PTMs）的功能调控作用；4）扩散模型中的前向加噪和反向去噪过程；5）SE(3)/E(3)等变网络的结构特性；6）蛋白质接触图（Contactmaps）等基础知识。作者希望通过这些概念整理帮助他人学习，并欢迎指正与补充。
2025-10-15 13:44:46
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原创 ProteinZero: Self-Improving Protein Generation via Online Reinforcement Learning阅读心得
本文介绍了蛋白质结构预测和设计中的几个关键指标：pLDDT（预测局部距离差异测试分数）用于评估残基预测可靠性（0-100分）；scRMSD（自一致性均方根偏差）衡量主链结构可设计性（＜2Å为可设计）；ddG（自由能差异）评估突变对蛋白质稳定性的影响。文章还提及Pred-ddG神经网络和FoldX力场两种计算方法。这些指标为蛋白质结构分析和设计提供了重要参考标准。
2025-10-12 11:21:18
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原创 De novo protein design by deep network hallucination阅读心得
本文介绍了利用深度神经网络trRosetta设计新型蛋白质的方法。通过蒙特卡洛采样优化随机氨基酸序列，使预测的残基距离分布与背景分布差异最大化（KL散度），最终生成129种全新"幻觉"蛋白质。实验证实其中27种具有稳定结构，3种解析的结构与预测模型高度吻合。文章详细解释了DeepDream、MCMC等关键技术概念，并提供了相关数据下载链接（2000个设计蛋白序列、trDesign代码包等）。这项研究展示了深度学习在蛋白质从头设计中的应用潜力，为开发新型功能蛋白提供了新思路。
2025-10-10 18:15:40
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原创 Robust deep learning–based protein sequence designusing ProteinMPNN 阅读心得
本文介绍了基于深度学习的蛋白质序列设计方法ProteinMPNN，并对比了其与传统方法Rosetta的性能差异。ProteinMPNN在天然蛋白质主链上实现了52.4%的序列回收率，显著优于Rosetta的32.9%。文章详细解释了相关术语，包括Rosetta软件套件、MPNN图神经网络模型、PDB数据库等核心概念，以及X射线晶体学、冷冻电镜等实验技术。通过实验验证，ProteinMPNN能有效挽救Rosetta或AlphaFold的失败设计案例，在蛋白质单体、多聚体等设计场景中表现出色。该方法大幅提高了序
2025-10-09 14:02:18
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原创 python—matplotlib库系列学习（二）：bar函数（包含xticks、yticks、savefig函数）
python—matplotlib库系列学习（二）：bar函数（包含xticks、yticks、savefig函数）
2023-12-30 11:29:54
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原创 Python-kivy实现一个简单的弹球游戏（包含对常见规则的改进，以及界面的简单美化）
这还是我学校学习课程上的一个项目，因为我也要考研，就没有花费太多时间去做很好的项目。所以基于网上的一个乒乓球游戏做了一些简单的改进。如下是我参考的文档和源码下载地址，大家有需要可以自取：如果想要了解我做的这个项目，最后可以先看下面这个文档，介绍了它最基本的运行逻辑：乒乓球游戏教程 — Kivy 2.1.0 文档仍有一些bug，比如速度过快会在边界一直卡死。对于难度的设置可以在做一个难度选择的界面，这样可以根据难度调整速度。希望这些可以帮助大家~如果觉得帮助到了你，请留个赞给我吧~t=N4HB。
2023-06-05 10:25:47
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原创 python—matplotlib库系列学习（一）：plot函数（包含title、xlabel、ylabel、legend函数）
python—matplotlib库系列学习（一）：plot函数（包含title、xlabel、ylabel、legend函数）
2023-05-12 00:29:39
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原创 R语言基础知识入门学习（二）
在上面的例子中，可以看出在函数调用中有不同的方式给出函数参数： 可以按函数原型中的参数顺序只给出参数的取值；也可以先给出参数名，再给出这参数需要使用的特定参数值。因此，当我们使用带有多个参数且大部分参数都采用默认值的函数时，这将非常方便。一旦这些参数默认值满足我们的需要，我们就可以避免人为地指定这些参数。若按名称设定参数可以在函数调用中改变参数的顺序，因为有参数名可以用来匹配。而后面两行代码是为了让大家理解运算符优先级的重要，y先创建一个20~30的向量，再全部整体减1，z先使30减1，在创建向量。
2023-04-29 12:22:29
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原创 python连接Mysql数据库，java读取python脚本实现动态传参以及增删改查等操作的个人学习记录心得
先简单说一下我这个项目，我做了一个广告点击率预测的项目。这个项目来源于2021 iFLYTEK A.I. 开发者大赛-广告点击率预估挑战赛，数据集为“广告点击率预估.csv”，其中包含 13 个特征字段，6 天的数据，共计 39 万多条。下面是对其特征字段的描述：接着我们的要求有：1. 对数据进行预处理2. 数据可视化操作3. 利用机器学习或深度学习方法预测4. 使用Mysql存储数据集，实现数据的增删改查。
2023-04-28 11:03:50
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原创 tensorflow-gpu 2.3.0安装 及 相关对应版本库安装（Anaconda安装）
对于anaconda的下载，网上的教程很多，而且很方便，我就不在这里赘述了打开我们的anaconda的控制台，点击这个蓝圈的这个，输入下方的代码 在这里我创造了一个虚拟环境去安装相关的包，大家按照自己的需要来，代码如下ttt是自己创建的环境的名字(大家自行取即可)，python=3.6 代表创建的python版本为3.6输入y代表同意创建接下来我们输入下面这行代码去进入我们的虚拟环境中在安装tensorflow-gpu2.3.0之前，必须要先配置好cudatoolkit和cudnn，这个可以直接
2022-07-09 17:32:17
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原创 pyQt5 + pyUIC + pycharm 安装心得（Anaconda安装）
（Anaconda安装）pyQt5 + pyUIC + pycharm 安装心得pyQt5最近由于学习，要下载pyqt5，并结合pyUIC使用，但是我在配置的过程中，遇到了许许多多的问题，我去网上搜了很多内容，然后去调试，结果把我自己pycharm的所有编译器都搞崩了，我真的人都麻了。所有我重新配置环境，整体整理了一下，我自己安装时候的细节，跟大家分享了一下。 ！！！！在开始之前，先声明一点，不确定不要随便去改自己的环境变量 如需转载，请标明出处，谢谢。 ......
2022-06-02 20:00:36
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翻译 阅读文献1：Bootstrapping ViTs: Towards Liberating Vision Transformers from Pre-training（文章翻译及自身的理解和总结）
Bootstrapping ViTs: Towards Liberating Vision Transformers from Pre-training（文章翻译及自身的理解和总结）萌新第一次写文章，有什么不对还请各位大佬多多指正。我写这个文章的目的是把我自己平时看文献学到的知识学习记录下来，方便我之后去查阅，顺带发布在CSDN上，因为很多东西我也是第一次基础，报着从0开始的态度去学习! （文章已获得作者的授权~）
2022-05-27 19:31:29
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空空如也
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