用pajek生成主路径分析

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输入数据

实施步骤

1.导入网络文件

2.生成最小路径

(1)提取网络中的最大组件

Network → Create partition → Components → Weak

Operations——Network + Partition——Extract——SubNetwork Induced by Union of Selected Clusters——Choose cluster 1

​编辑​编辑(2)移除最大组件中的强组元

Network——Create partition——Components——Strong

Operations——Network + Partition—— Shrink network——[use default values]

1. Shrinking according to Partition

2. Minimum Number of Lines between Clusters: 1

3. Cluster that will not be Shrunk: 0

​编辑(3)移除网络中的环

Network——Create new network——Transform——Remove——Loops

(4)创建主路径

Network——Acyclic Network——Create weighted Network + Vector——Traversal Weights——Search Path Count (SPC)

Network——Acyclic Network——Create (Sub) Network——Main Paths——Global Search——Key-Route


输入数据

需要输入的是.net格式的文件,可以使用python,将networkx格式的图转换成net文件,也可以使用软件txt2pajek将txt文件(excel导出格式)转换成net文件。

txt2pajek:txt2pajek官网下载链接

pajek下载链接:Pajek / PajekXXL / Pajek3XL

实施步骤

1.导入网络文件

2.生成最小路径

(1)提取网络中的最大组件

Network → Create partition → Components → Weak

步骤解释:在图论和网络分析中,一个图可以是由一系列节点(又称为顶点)和边(连接两节点的线)组成。根据这些边是否有方向,图可以分为两类:有向图和无向图。在有向图中,边有方向性,即从一个节点指向另一个节点;而在无向图中,边没有方向性,表示节点间的连接是双向的或者说是无方向的。

弱连通组件的定义是针对有向图的。在有向图的情况下,如果我们暂时忽略边的方向,只考虑节点间是否存在连接路径,那么可以找到图中的一些子集,每个子集内的任意两个节点都通过一系列边(不考虑边的方向)互相连通,但这些子集之间没有连接路径。每个这样的子集就形成了一个弱连通组件。

需要填写的minimum size:"minimum size" 指的是您想要识别出来的弱连通组件中最少应包含的节点数。这个数值用来设定过滤条件,进而只关注那些较大的弱连通分量。

举个例子:

  • 如果将 minimum size 设置为 1,那么算法会识别出图中的所有弱连通组件,不管它们多大或多小。这意味着即使是只包含一个单独节点的分量也会被考虑进来。
  • 如果将 minimum size 设置得更大,比如 10,那么只有那些至少包含 10 个节点的弱连通组件才会被识别和保留,而那些较小的分量则会被忽略。

这一步最终会知道得到多少个components(弱连接组件),然后每个组件实质上是一个集群,这些集群被标记或编号来区分。

Operations——Network + Partition——Extract——SubNetwork Induced by Union of Selected Clusters——Choose cluster 1

表示你将从之前识别的弱连通组件(即这些集群)中选择特定的集群来创建一个新的子网络。

具体来说,这里的操作步骤和含义是:

  1. Network + Partition:这标志着你正在操作一个基于某种分区或分类的网络,这里的分类指的是通过之前的步骤将网络分成了若干弱连通组件。

  2. Extract:表示你将从当前的网络结构中提取出一部分,以创建一个新的网络。

  3. SubNetwork Induced by Union of Selected Clusters:这个步骤的目的是基于你选择的一个或多个集群(在这个上下文中,每个弱连通组件被视为一个集群)创建一个子网络。这意味着新的子网络将包含你所选择的所有集群中的所有节点和这些节点之间存在的边。

  4. Choose cluster 1:这里,你正在选择第一个(或可能是唯一的)集群,即你想要包含在你即将创建的子网络中的一个弱连通组件。

综上,当你执行这一系列操作时,你实际上在做的事情是:首先识别网络中的所有弱连通组件,然后从这些组件中选择一个(或多个)你感兴趣的,最后基于你的选择创建一个包含特定节点和相应边的新子网络。这个新的子网络将仅由你所选的那个或那些弱连通组件构成,这样的操作对于深入分析网络的某一部分或特定属性是非常有用的。

这一过程可以帮助研究者聚焦于网络中的特定部分,尤其是在大型网络中,通过选择特定的组件来举行更细致的分析,这对于理解网络的结构和动态、识别关键节点和模式等方面都是至关重要的。

当需要输入selected clusters的时候,输入的是 1-*,这种表示法通常用来指示选择从编号为1的集群开始,直到最后一个集群的范围。具体来说,这意味着你希望在创建子网络时包括从第一个标记(或编号)的集群(通常是按照某种顺序或标准设定的第一个集群)一直到最后一个集群的所有集群。在网络分析和数据处理的语境下,* 一般被用作通配符,代表“所有可能的值”或“范围内的所有项”。

(2)移除最大组件中的强组元

Network——Create partition——Components——Strong

这一步的目的是对原始网络(或当前处理的网络)进行再一次的分区,不过这次分区的依据是强连通性质,而不是弱连通性质。在有向图(即网络)中,一个强连通组件是指图中的一部分,其中的每一对节点都是通过有向路径相互可达的。换句话说,对于组件内的任意两个节点 A 和 B,都存在从 A 到 B 的路径,同时也存在从 B 到 A 的路径。

这种基于强连通性的分区有助于识别网络中的方向性结构,能够展示出在考虑节点间方向性连接的情况下网络的组织方式。强连通组件的识别对于理解复杂网络中的信息流动、稳定性等方面非常有帮助,特别是在分析社交网络、生物网络等有向图时。

总的来说,Network → Create partition → Components → Strong 步骤通过识别网络中的强连通组件,进一步细化对网络结构的分析,使研究者能够对网络的连接性质有更深层次的了解和探索。

Operations——Network + Partition—— Shrink network——[use default values]

这一步骤在之前基于强连通性质的分区基础上执行网络的简化和抽象。这里,通过合并那些在同一个强连通组件内的节点,并根据设定的规则(如下文所述的最小连线数和不被缩减的集群)调整连接关系,目的是简化网络结构,使得分析和可视化更加高效和清晰。

通过 Shrink network 步骤,你能够根据网络的强连通分区结果,利用具体的合并规则(例如最小连线数和特定的不缩减集群设置)来简化网络,并保持网络核心结构和关键连接的同时减少复杂度。这种方法对于分析大型或复杂网络尤其有用,因为它有助于减少分析的计算负担并提高结果的可解释性。

下面解释这一步骤需要填写的内容:

1. Shrinking according to Partition

这里的设置说明了网络缩减的一种具体策略:“根据分区进行缩减”。在这种策略下,网络中的节点被按照它们所属的集群(或组件、分区)进行分组,随后根据特定规则对每个组内的节点进行合并处理。

2. Minimum Number of Lines between Clusters: 1

这个参数指定了在两个集群之间需要存在的最小连线(或边)数量,以便在缩减过程中保留它们之间的连接。在这里,设为 1 意味着只要两个集群之间至少有一条边连接,那么在缩减后的网络中,这两个集群之间的联系就会被保留。这有助于确保网络的基本结构和连接性在简化过程中得以维持。

3. Cluster that will not be Shrunk: 0

这个设置指明了哪些集群将不会被缩减。数值“0”在此处可能意味着没有任何集群被排除在外,即所有集群在处理过程中都会被考虑进行缩减。或者,这可能表示按照某种编码或标识系统,"0" 对应的特定集群不会被缩减。

在网络分析过程中,"Shrinking C3 [0] (6)" 这样的显示通常提供了关于特定操作结果的具体信息。针对这个表述,我们可以拆解其含义如下:

  • C3: 这里的"C3"可能是一个标识符,用于指代网络中的某个特定集群或组件。在网络分析中,集群或组件经常被标记以便于区分和引用。因此,"C3"很可能就是在之前的分区或分类步骤中确定的一个集群编号。

  • [0]: 方括号中的数字通常是用来提供附加信息的。在这个上下文中,"[0]"可能表示相关节点的某种特定属性值,或者是这个集群在某个特定指标上的量化结果。具体含义可能依赖于使用的分析工具或执行的操作上下文。

  • (6): 圆括号中的数字表示执行操作后的一个重要结果或数量统计。在这里,"(6)"很可能指的是在对"C3"集群进行缩减处理后,集群的新规模或者是由该集群缩成的节点数量。考虑到操作是“Shrinking(缩减)”,这个数字可能表示了该集群缩减后代表性节点的数量,或者是在合并过程中某种度量的计数结果。

综合来看,"Shrinking C3 [0] (6)" 这个提示信息表明,在执行“Shrink network”这一网络简化步骤时,编号为"C3"的集群经过处理后,和其相关的结果数值是6。这说明了在缩减过程中,对"C3"集群的处理结果,可能是将集群内的节点合并为了6个节点,或者是通过某种缩减策略后得到了6这个重要的数字结果。具体的解释可能需要参考你使用的网络分析工具或框架的官方文档或帮助手册,因为不同的工具和上下文可能对这种表述有不同的解读。

(3)移除网络中的环

Network——Create new network——Transform——Remove——Loops

这个步骤主要涉及网络的进一步转换和简化,具体来说是去除网络中的环路(loop)。下面是这一步骤的详细解释:

  1. Create new network: 这一部分可能意味着在进行环路移除操作前,你首先根据已有的网络数据或操作结果生成一个新的网络实例。这可以确保原始网络保持不变,而变更作用于一个新的副本上。

  2. Transform: 转换操作通常包括对网络结构或数据进行修改或调整的步骤,这里的目的是对网络结构进行调整。

  3. Remove → Loops: 这一步骤的目的是去除网络中的所有环路。环路或自循环是指起点和终点相同的单个边,换言之,就是网络中一个节点指向其自身的连接。这种边在某些网络分析场景中可能被认为是不必要的或会导致分析偏差,因此需要被移除。

移除环路的目的可能有多种:

  • 简化网络结构:去除自循环可以减少网络的复杂度,使结构更加简洁,有助于可视化和进一步分析。
  • 标准化处理:在一些网络分析方法或算法中,环路可能会引起问题或不被允许。移除环路确保了数据满足特定的分析需求。
  • 增强分析质量:在特定的分析任务中,环路可能会导致分析偏差或不准确的结果,去除这些边可以改进分析的准确性和可靠性。

总的来说,这一步骤是对网络进行进一步处理和优化的一个环节,旨在清理网络中可能影响分析的特定结构特性,从而为后续分析提供一个更干净、更合适的网络结构基础。

创建一个新的副本,点击确定。

这就是去除自循环之后的为network N3。

(4)创建主路径

Network——Acyclic Network——Create weighted Network + Vector——Traversal Weights——Search Path Count (SPC)

这一操作步骤似乎是关于在一个去环(无环)的网络中进行权重分配,并利用这种配置来计算特定的网络路径统计,具体解释如下:

  1. Acyclic Network: 这一步骤确保了网络是无环的,即网络中不存在任何从一个节点出发经过一系列边再回到该节点的路径。这是在进行路径相关计算时的一个重要前提条件,因为有环的网络在计算路径时可能会引入无限循环。

  2. Create weighted Network + Vector: 这一操作很可能意味着在无环的网络基础上创建一个加权网络,并为每条连接(边)分配一个权重。权重可以代表连接的强度、距离、成本或其他与网络分析目标相关的量度。同时,“Vector”部分可能指的是用于存储和描述节点或边权重的数据结构。

  3. Traversal Weights: 这个环节可能涉及到对网络中的节点或边根据某种策略(如深度优先或宽度优先)进行遍历,并在遍历过程中利用前述权重来执行特定的计算或决策。

  4. Search Path Count (SPC): 这是最终的操作目标,指的是在给定(加权和无环)的网络中搜索或计算从一点到另一点的所有可能路径的数量。这种统计在很多情况下都是有用的,比如在确定网络中节点间的连接强度、分析网络流动性能力或预测网络中信息传播的潜力等。

综上所述,这一步骤的主要目的是在去除环路且加权的网络中,计算网络中节点间所有可能路径的数量。这个数量可以反映网络结构的复杂度、节点间的可连通性,以及信息或资源在网络中传播的潜在路径多样性。进行这种计算的一大潜在应用是在复杂网络分析、优化网络设计或理解网络流动动态等领域。

Network——Acyclic Network——Create (Sub) Network——Main Paths——Global Search——Key-Route

这一系列操作似乎是关于在一个无环网络中,查找和分析网络路径的关键环节,具体地:

  1. Acyclic Network: 此步骤确认网络是无环的。无环网络(Acyclic Network)是不存在闭合回路的网络,即任何节点到自己的路径都不存在。这种网络特性是某些路径分析方法的前提条件,因为无环特性简化了路径的计算和分析。

  2. Create (Sub) Network: 创建一个子网络(Sub Network),可能是基于原网络,通过选定特定的节点和边,或按照特定的标准筛选而形成。这一步涉及对网络进行缩减或聚焦,以便集中分析网络中的一部分结构或某些特定关系。

  3. Main Paths: 识别出网络中的主要路径。主要路径(Main Paths)分析是一种旨在识别出那些对网络流动性质或传播过程具有重要影响的路径的技术。这通常涉及到找出最能代表网络结构特征或最有可能代表流动(例如信息、资源等)通道的路径。

  4. Global Search: 全局搜索(Global Search)可能指的是在整个网络或其指定子集中进行搜索,以识别并定位关键或最优路径。这种搜索不限于局部结构或特定范围,而是试图覆盖网络的全局特性,以找到最有代表性或最有效的路径。

  5. Key-Route: 关键路径(Key-Route)的查找可能是指识别那些对于网络中信息流、资源转移等具有重要影响的路径。"Key-Route"这一步在全局搜索结果的基础上进一步细化,专注于那些在网络连接、传播模式或其它重要网络功能方面占据核心地位的路径。

综上所述,这一系列操作是关于在无环的网络环境中,通过全局搜索来识别出核心或关键路径的复合过程。这可以帮助理解和优化网络的结构和功能,尤其是在需要弄清楚哪些路径对整个网络的运作和效率起着决定性作用时。这项分析在网络科学、交通规划、信息系统设计等多个领域都有着重要应用。

这是因为10超过了需要分析的网络中实际存在的边的数量,我的网络中的边有四条:(点击第一行右面的笔符号)

更改输入的数字之后,就成功了。那我选择1-4,自然出现的是所有的1边:

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### 回答1: Pajek是一款图论软件,可以用于社会网络分析、复杂网络分析等多个领域。在专利引证路径分析中,我们可以使用Pajek来构建专利引证网络,并通过Pajek的算法来计算出路径。 以下是使用Pajek进行专利引证路径分析的步骤: 1. 准备数据 首先,我们需要准备好专利引证数据。这些数据通常包括专利号、引证专利号、引证年份等信息。可以使用Excel等工具进行整理和清洗。 2. 构建专利引证网络 使用Pajek打开数据文件,将数据转化为网络格式。在Pajek中,可以使用“Network”菜单中的“New Network”命令来创建新的网络。然后,我们可以使用“Vertices”和“Arcs”菜单中的命令来添加节点和边,并设置节点和边的属性。 在专利引证网络中,节点表示专利,边表示引证关系。我们可以使用不同的颜色、形状和大小来表示不同类型的节点和边。 3. 计算路径 在Pajek中,我们可以使用“Network”菜单中的“Path Analysis”命令来计算路径。在弹出的对话框中,选择“Main Path”选项,然后点击“OK”按钮即可。 Pajek会计算出所有节点之间的最短路径,并将其中最长的路径作为路径。我们可以使用“Main Path”菜单中的命令来查看和编辑路径。 4. 可视化路径 最后,我们可以使用Pajek的可视化功能来展示专利引证网络和路径。在Pajek中,可以使用“Visualization”菜单中的命令来选择不同的布局算法,并设置节点和边的颜色、形状和大小。 通过可视化,我们可以更清晰地看到路径的结构和特征,从而深入理解专利引证网络的演化过程和机制。 ### 回答2: Pajek是一种常用的网络分析软件,可以用于进行专利引证路径分析。以下是使用Pajek进行专利引证路径分析的步骤: 1. 数据准备:首先,需要将专利引证数据整理成适合Pajek导入的格式,一般为邻接矩阵或关系列表。邻接矩阵表示哪些专利被其他专利引证,关系列表则记录每个引证对。 2. 导入数据:打开Pajek软件后,选择“File”菜单中的“Import”选项,然后选择适当的数据导入格式。根据数据格式选择相应的选项,将数据导入到Pajek中。 3. 构建网络:根据导入的数据,使用Pajek的网络构建工具来构建专利引证网络。可以使用“Network”菜单中的“Create Network”选项来定义节点和边的属性,并根据数据创建网络图。 4. 进行路径分析:选择“Analysis”菜单中的“Paths”选项,可以进行路径分析。在弹出的窗口中,选择合适的节点和边的属性,以及路径的限制条件和最大长度。 5. 可视化分析结果:在得到路径分析的结果后,可以使用Pajek提供的网络可视化功能将分析结果可视化展示。选择“Network”菜单中的“Draw Network”选项,可以根据需要设置节点和边的样式、颜色等。 6. 结果解读和分析:分析完成后,可以根据网络图和路径分析结果来解读专利引证的路径分析结果。考察网络中的核心节点、路径之间的关系等,并分析这些信息对于理解专利引证网络的结构和演化过程的意义。 需要注意的是,上述步骤只是一种使用Pajek进行专利引证路径分析的基本流程,具体的操作可能因数据的特点和研究目的而有所差异。在使用Pajek进行分析时,应该根据实际情况进行相应的调整和优化。 ### 回答3: Pajek是一种用于复杂网络分析的软件,可以用于研究社交网络、科学合作网络、文献引证网络等。在进行专利引证路径分析时,可以按照以下步骤操作: 1. 数据准备:从数据库或文献数据库中收集所需的专利数据,包括专利号、申请日期、发表日期等信息。同时,还需要导出专利之间的引证关系数据,即每个专利引用了哪些其他专利。 2. 导入数据:打开Pajek软件并新建一个空白项目,选择"Network"-"Network from Pajek files"将专利之间的引证关系数据导入。 3. 构建网络:在导入的数据中,每个专利都是一个节点,而引证关系则是节点之间的边。根据需要,可以添加一些附加信息,比如将节点的大小与专利被引用的次数关联起来,或将节点的颜色与专利的申请日期关联起来等。 4. 可视化网络:将构建好的网络进行可视化,可以通过选择合适的布局算法将节点和边进行排列,以便更好地观察专利引证的结构和路径。 5. 分析网络:通过Pajek提供的分析工具,可以计算网络的各种属性,如节点的度中心性、介数中心性等,以及网络的整体特征,如网络的平均路径长度、聚集系数等。这些属性可用于描述和比较不同的专利引证网络。 6. 发现路径:路径是指在网络中连接最多节点的路径,代表了专利之间的核心引证关系。通过Pajek中的搜索算法,可以找到网络中最重要的路径,以便进一步研究这些核心引证关系对专利系统的影响。 总结:以上是使用Pajek进行专利引证路径分析的基本步骤。通过Pajek软件提供的网络可视化和分析功能,研究者可以更好地了解和分析专利之间的引证关系,揭示专利系统中的核心技术和关键创新路径。
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