医学图像处理期末大作业

肺部CT图像处理与重建

期末大作业占比：50分

任务描述：

给定肺部一组CT DICOM图像，提取肺部结构，重建其肺部三维模型。具体如下：

1：基于阈值或其他方法对肺部实质图像(a)进行分割

2：通过图像形态学去除粘连或填空洞等,得到类似(b)的肺实质

3：勾出肺部边界并计算面积（只针对某一幅图像）

4：肺部模型重建：通过对每一张CT切片进行分割，得到一组肺部结构图。将多张切片的分割结果存储在一个三维数组中，通过marching_cubes方法计算三维数据中的曲面并显示肺部的三维模型。

5：可选功能，可自行选择增加其他功能，如分割、可视化肺内气管等。

完成代码，进行演示（25分）演示代码、运行结果，从代码结构、算法、演示效果评分

撰写实验报告(25分)，

1）说明算法、实现过程、结果与分析、总结(包括特色和遇到问题解决方法)

2）评分：报告上述内容充实，格式规范，图文并茂，分析清晰。

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下面是个人操作演示结果，满分通过：

处理后的掩码图像：

软件演示：  下方有链接可以显示动态演示效果的视频

左侧显示每一张肺实质分割图像，也就是掩码图像，右侧是三维可交互的肺实质重建结果，可以任意方向旋转，立体的，按住CTRL键可以放大缩小。

下面是点击左侧的任意一张肺实质分割图像，然后会显示计算面积按钮，点击即可勾画出轮廓，并显示面积大小。

  

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代码运行和动态演示效果：点击下方链接可查看

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                                                      肺实质分割动态视频-CSDN直播左侧显示每一张肺实质分割图像，也就是掩码图像，右侧是三维可交互的肺实质重建结果，可以任意方向旋转，立体的。下面是点击左侧的任意一张肺实质分割图像，然后会显示计算面积按钮，点击即可勾画出轮廓，并显示面积大小。给定肺部一组CT DICOM图像，提取肺部结构，重建其肺部三维模型。具体如下：1：基于阈值https://live.csdn.net/v/394955

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部分代码：

import vtk

# 定义渲染窗口、交互模式
aRender = vtk.vtkRenderer()
Renwin = vtk.vtkRenderWindow()
Renwin.AddRenderer(aRender)
iren = vtk.vtkRenderWindowInteractor()
iren.SetRenderWindow(Renwin)

# 定义个图片读取接口
# 读取PNG图片就换成PNG_Reader = vtk.vtkPNGReader()
PNG_Reader = vtk.vtkPNGReader()
PNG_Reader.SetNumberOfScalarComponents(1)
PNG_Reader.SetFileDimensionality(2)  # 说明图像是三维的

# 定义图像大小，本行表示图像大小为（512*512*240）
PNG_Reader.SetDataExtent(0, 511, 0, 511, 1, 89)
# 设置图像的存放位置
name_prefix = ['mask/mask_']
PNG_Reader.SetFilePrefix(name_prefix[0])

# 设置图像前缀名字
# 表示图像前缀为数字（如：0.jpg）
PNG_Reader.SetFilePattern("%s%d.png")
PNG_Reader.Update()
PNG_Reader.SetDataByteOrderToLittleEndian()
spacing = [1.0, 1.0, 2.5]  # x, y 方向上的间距为 2 像素，z 方向上的间距为 2.5 像素
PNG_Reader.GetOutput().SetSpacing(spacing)

# 高斯平滑
gauss = vtk.vtkImageGaussianSmooth()
gauss.SetInputConnection(PNG_Reader.GetOutputPort())
gauss.SetStandardDeviations(1.0, 1.0, 1.0)
gauss.SetRadiusFactors(1.0, 1.0, 1.0)
gauss.Update()

# 创建等值面提取器
contour = vtk.vtkMarchingCubes()
gauss.GetOutput().SetSpacing(spacing)
contour.SetInputConnection(gauss.GetOutputPort())
contour.ComputeNormalsOn()
contour.SetValue(0, 100)

mapper = vtk.vtkPolyDataMapper()
mapper.SetInputConnection(contour.GetOutputPort())
mapper.ScalarVisibilityOff()

actor = vtk.vtkActor()
actor.SetMapper(mapper)

# 创建渲染器，设置背景颜色
renderer = vtk.vtkRenderer()
renderer.SetBackground([1.0, 1.0, 1.0])
renderer.AddActor(actor)

window = vtk.vtkRenderWindow()
window.SetSize(512, 512)
window.AddRenderer(renderer)

interactor = vtk.vtkRenderWindowInteractor()
interactor.SetRenderWindow(window)

下面是包含所有文件的压缩包：

• 文件全部代码
• 原始数据文件
• 满分实验报告

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需要的可以在评论区点击下载