OpenMPI报错ORTE_ERROR_LOG: Data unpack had inadequate space in file

文章讲述了在使用OpenMPI执行计算任务时遇到的ORTE_ERROR_LOG错误,原因是conda环境中的OpenMPI与系统原版冲突。解决办法是通过卸载conda环境中的OpenMPI。

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在使用OpenMPI执行跨节点计算任务时,遇到了这样的报错:

ORTE_ERROR_LOG: Data unpack had inadequate space in file base/plm_base_launch_support.c at line 1200

ORTE_ERROR_LOG: Data unpack had inadequate space in file base/plm_base_launch_support.c at line 1200
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ORTE was unable to reliably start one or more daemons.
This usually is caused by:

* not finding the required libraries and/or binaries on
  one or more nodes. Please check your PATH and LD_LIBRARY_PATH
  settings, or configure OMPI with --enable-orterun-prefix-by-default

* lack of authority to execute on one or more specified nodes.
  Please verify your allocation and authorities.

* the inability to write startup files into /tmp (--tmpdir/orte_tmpdir_base).
  Please check with your sys admin to determine the correct location to use.

*  compilation of the orted with dynamic libraries when static are required
  (e.g., on Cray). Please check your configure cmd line and consider using
  one of the contrib/platform definitions for your system type.

* an inability to create a connection back to mpirun due to a
  lack of common network interfaces and/or no route found between
  them. Please check network connectivity (including firewalls
  and network routing requirements).
--------------------------------------------------------------------------

原因是我之前在conda中安装了多余的openmpi,与系统原有的openmpi相冲突了。

解决方法,卸载掉conda环境中安装的openmpi:

conda uninstall openmpi

然后就搞定咯。

### 编译过程中 'mpicxx: Command not found' 错误分析 在安装 GCC-4.9.4 时遇到 `make: mpicxx: Command not found` 的错误提示表明系统无法找到 MPI C++ 编译器命令。这通常是因为环境变量未正确配置或者MPI工具包本身没有被正确安装。 #### 环境配置问题解析 当尝试调用 `mpicxx` 而失败时,可能的原因在于该命令不在系统的路径中。如果已经安装了 MPI 工具链,则可能是由于 PATH 或其他相关环境变量设置不当所致[^3]。对于这种情况,可以考虑通过修改 `.bashrc`, `.zshrc` 文件来扩展 `$PATH` 变量以包含 MPI 安装位置下的 bin 目录;也可以直接编辑 `/etc/profile.d/mpi.sh` 来全局生效这些更改。 #### 解决方案建议 为了使 `mpicxx` 成功被执行,应当确保: 1. **确认已安装合适的 MPI 版本**:例如 OpenMPI 或 MPICH,并且版本兼容于正在构建的应用程序需求; 2. **更新环境变量**:将 MPI 执行文件所在的目录加入到用户的 PATH 中去。可以通过向 shell 配置文件(如`.bashrc`或`.zshrc`)追加如下语句实现: ```shell export PATH=/path/to/openmpi/bin:$PATH ``` 3. **验证安装情况**:运行 `which mpicc` 和 `which mpicxx` 查看是否能够定位到这两个可执行文件及其所在的具体路径; 4. **检查依赖关系**:有时即使设置了正确的路径仍然会出现找不到命令的情况,这时应该排查是否有缺失的库或其他必要的组件未能加载成功。 以上措施有助于解决由环境配置引起的 `mpicxx: Command not found` 错误。另外值得注意的是,在某些情况下,特别是跨平台开发环境中,还需要注意不同架构之间的差异可能导致类似的路径查找失败现象发生。 ```shell # 添加OpenMPI至环境变量的例子 export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH ```
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