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RSS订阅原创 NGS分析
1、R1\R2还有参考文件名称可先输入首字母或多输入几个字母按TAB键填充，这样不会出错。2、需要输入路径的情况，最好是复制粘贴，这样不容易出错。
2026-03-13 14:03:18
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原创 【无标题】
必须做的“质量控制”，一个 transcript 对应多个 GeneID？# transcript ↔ gene overlap（核心）#提取 transcript ↔ GeneID 表（关键）“这个转录本落在哪个已知基因上？#BAM → BED12（必须）
2026-03-12 11:29:00
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原创 降解组数据分析笔记
降解组数据=被切开的mRNA碎片测序数据 （Degradome sequencing / PARE sequencing Parallel Analysis of RNA Ends)。**只测 mRNA 被切开后的 5’ 末端片段**， 用来**精准找到 miRNA 在 mRNA 上的剪切位点**。
2026-02-27 15:25:20
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原创 接头与低质量碱基修剪（Cutadapt / Trimmomatic）区别
— 它会用 “滑动窗口”（比如窗口大小 4，平均质量 < 20 则修剪）逐段评估 reads 质量，能避免 “一刀切” 修剪导致的有效序列丢失；同时附带接头去除、去除含过多 N 的 reads、长度过滤等功能，是 “一站式” 工具。—— 哪怕接头只残留一部分（比如降解组 reads 末端的 partial adapter），它也能通过序列比对找到并剪切，还支持 “接头 + polyA/T 尾” 一次性去除（降解组常需去除 polyA 污染）。直接剪掉所有 Q<20 的末端），逻辑简单。
2026-02-27 14:51:42
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原创 转录组后续分析（继unigene库之后）
必须提供（即.tar.gz文件或解压后的文件夹路径）另外，（官方一般只提供等较高层级数据库）Completecd-hit-est对同一个 Trinity 基因 ID（如 TRINITY_DN43123_c0_g1_i1）有多条不同长度的序列进行重新命名多拷贝基因（D）
2025-11-06 11:17:51
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原创 转录组从头组装相关概念
2. Chrysalis（蛹）：聚类相似 contigs（相似区域＞k - 1 bp ），构建 de Bruijn 图，区分不同 components（组件 ）；1. Inchworm（虫）：将 clean reads 切割为 k - mers（短片段 ），依重叠关系用贪婪算法延伸，生成初始 contigs（连续序列 ）。3. Butterfly（蝶）：拆分图为线性序列，利用 reads 配对关系消除错误序列，得到最终转录本序列。
2025-10-20 19:58:39
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1原创 用 DESeq2 筛选 DEGs
DEGs 即差异表达基因（Differentially Expressed Genes）,DESeq2 是一个专门针对 RNA 测序数据设计的 R 语言包，它采用负二项分布模型来估计基因表达水平的离散性，并鉴定差异表达基因。（1）运行prepDE_fixed.py3,从stringtie的输出中提取基因和转录本的表达计数矩阵（count matrices），运行成功后生成。（transcript count matrix）文件。（2）运行run_DESeq2.R文件，实现。
2025-10-11 22:13:42
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原创 转录组数据分析笔记
去除接头和低质量序列，减少变异检测（如 SNP calling）的假阳性；：预处理原始 reads，提高后续比对到参考基因组的准确性；（2）使用hisat2将质控后的测序数据比对到指定参考基因组。：提升数据信噪比，保证后续峰识别的可靠。c.sam文件转成bam文件并排序。a.构建指定基因组索引。all. 使用脚本文件批量处理。b.进行单端测序数据比对。
2025-10-11 17:31:23
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空空如也
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