判断环丙烷是否连接甲基作为取代基

最新推荐文章于 2024-07-23 14:36:35 发布

药物设计的后腿

最新推荐文章于 2024-07-23 14:36:35 发布

阅读量127

点赞数

分类专栏： rdkit 文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_62821496/article/details/128674320

版权

rdkit 专栏收录该内容

3 篇文章 0 订阅

订阅专栏

min_atom_idx = min(target_atom)#顶部原子index
max_atom_idx = max(target_atom)#如果两端连接，这表示另一端index
link_num_min = mol_t.GetAtomWithIdx(min_atom_idx).GetDegree()#头部原子连接数
link_num_max = mol_t.GetAtomWithIdx(max_atom_idx).GetDegree()#最大index连接数，如果是两边都连，就是另一端
if link_num_min < 4 and link_num_max < 3:#前面限制链上取代，后面限制作为骨架的中间情况，弊端：无法识别环一边只连脂肪链的情况
      if min(bondring) != 0:
          bondring_1 = min(bondring) - 1#前面的甲基bond
          bondring = list(bondring)
          bondring.append(bondring_1)