在 ubuntu22.04.2 上安装 R 包 clusterProfiler

听说 R 可以在 jupyter notebook 上使用，昨天在本地 ubuntu22.04 操作系统上创建了 R 的虚环境，安装了 jupyter notebook 和 R kernel 。

前期已安装过 miniconda，代码如下：

参考这篇文章：Installing an updated R version (>=4.0) using conda

# 从 conda-forge channel 可以获得最新版本的 R， 所以先要添加 conda-forge channel
$conda config --add channels conda-forge   

# 设定优先权，优先从conda-forge channel 而不是默认 channel 下载安装
$conda config --set channel_priority strict

# 检索可以下载的最新版      
$conda search r-base   

# 创建并激活虚环境
$conda create -n your_name_here python=3.X     
$conda activate your_name_here   

$conda install -c conda-forge r-base=4.X.X    
#我下载的是 R 4.3.1 

# 安装 jupyter notebook
$conda install jupyter

最后进入 R（直接命令行输入 R）并执行下面代码：

install.packages('IRkernel')       
IRkernel::installspec()

全部安装完成过后，在激活 R 虚环境的情况下直接命令行输入 jupyter notebook 即可自动在浏览器打开 jupyter notebook（如果无法自动跳转，复制给出的链接可在浏览器搜索打开）。

我想要到用一个名为 clusterProfiler 的 R 包，参考这篇文章：Gene Set Enrichment Analysis with ClusterProfiler – NGS Analysis

首先需要安装这个包， 就在这里卡壳了，浪费了一下午。

library(BiocManager)

BiocManager::install("clusterProfiler")

提示要安装很多依赖包，有的能安上，有的就不行。

报错信息里总有这样一段：

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------

上网上搜说是要命令行安装 libcurl

执行这条命令：

$sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

安装好了还是不行，不知道下面这句说的是啥

If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file.

最后参考这个解决了：

r - Unable To Install Tidyverse Due To Libcurl Issue - Stack Overflow

pkg-config 在 /usr/bin 下，检查 /usr/bin 是否在 PATH 中，在话命令行输入 pkg-config 会出现下面这条提示：Must specify package names on the command line，不在的话手动添加：在 ~/.bashrc 文件末尾加上 export PATH="/usr/bin:$PATH"，然后重新 source 一下。

libcurl.pc 文件在 anaconda 或 miniconda 安装目录的 lib 目录的 pkgconfig 下，

以我的为例，手动在 ~/.bashrc 文件末尾添加 export PKG_CONFIG_PATH=/home/yc/miniconda3/lib/pkgconfig