r语言学习笔记7.9

最新推荐文章于 2024-10-31 23:06:23 发布

m0_70422420

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文章标签： r语言学习笔记

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_70422420/article/details/131625587

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作者在文中分享了使用R语言处理CSV数据进行主成分分析（PCA）和聚类时遇到的问题，包括数据转换错误和计算多样性指数的步骤。通过安装和使用vegan及spaa包，解决了数据转换问题，成功计算了Shannon、Simpson指数及样方均匀度指数，并绘制了相关性图。尽管过程充满挑战，但最终完成了阿尔法多样性的计算和可视化。

摘要由CSDN通过智能技术生成

今天的目标是搞定主成分分析以及聚类

读取csv文件：

data = read.table("XXX.csv",header=F, sep=",") #读取csv文件

啊啊啊啊我真是个笨人

今天被我的四年数据困住了好久，一直报下面这个bug。。。。

> cy6<-data2mat(cy6)
Error in data2mat(cy6) : Number of individuals must be integer!

最后我想，（也是打算用spss做PCA时灵机一动的就是），让他帮我转至，不如我自己手动转至了。。烦死了。。。最后终于成功了！花了一天终于把阿尔法多样性计算+画出图了，真是太不容易了

不过今天又没完成既定目标，需要凌晨加把劲了

源代码就是这样了，但是需要改很多地方，尤其是转换数据那里，还需要再摸索一下

###########################################################多样性指数计算
install.packages("vegan")###安装软件包，选择镜像，确定
install.packages("spaa")###安装软件包
require(vegan)###加载vegan软件包
require(spaa)###加载
data<-read.csv("grassland.csv",header=TRUE)  ###导入数据
data
data<-data2mat(data)#转换数据
data
shannon<-diversity(data,index="shannon")###计算shannon指数
simpson<-diversity(data,index="simpson")###计算Simpson指数
a<-specnumber(data)###计算每个样方的物种数
pielou<-shannon/log(a)###计算样方均匀度指数
diversity<-cbind(shannon,simpson,a,pielou)###把多样性指数整合到一起
cor(diversity)   ###计算多样性指数之间的相关性
plot(~.,data=diversity)   ###绘图查看相关性
write.csv(diversity,"diversity.csv")#导出alpha多样性指数数据