1. flowCore
flowCore 是 Bioconductor 中的一个 R 包,用于处理流式细胞术(Flow Cytometry)和质谱流式细胞术(CyTOF)的 .fcs
数据。它提供了数据导入、转换、过滤、gating(分选)、聚类和可视化功能。
功能 | 作用 | 示例代码 |
---|---|---|
读取 .fcs 文件 | 加载流式细胞数据 | read.FCS("data.fcs") |
提取细胞信息 | 获取流式数据矩阵 | exprs(fcs_data) |
转换数据 | 对数变换、归一化 | logTransform(fcs_data) |
Gating(门控分析) | 选定感兴趣的细胞群 | rectangleGate() |
可视化 | 绘制流式细胞图表 | plot(fcs_data) |
https://github.com/RGLab/flowCore
2. CytoNorm
用来标准化细胞术数据。