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原创 R语言:随机生存森林和SHAP分析
但是,在实际应用时发现,在R语言中没有随机生存森林对应的SHAP算法包(有XGBoost对应的包),因此我们首先使用XGBoost模型生成一个储存SHAP特征值的“躯壳”,随后计算随机生存森林模型中各个特征的SHAP值,最后使用XGBoost对应的SHAP分析包,生成我们需要的SHAP瀑布图或蜂窝图等。总结一下,在R语言中没有随机生存森林对应的SHAP分析包,我们通过使用XGBoost模型的SHAP分析包,借助“躯壳”,实现对随机生存森林SHAP分析的可视化。然后,使用SHAP算法对模型进行可解释性分析。
2024-07-01 16:06:56
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原创 SCENIC分析(四)
在python中将seurat格式的文件转换为loom,方便在pySCENIC中使用。在R语言中将seurat格式文件,转换为csv格式。使用seurat包,生成SEURAT格式的文件。
2023-07-29 00:00:07
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原创 SCENIC分析(三)
由于pmbc3样本量太大,目前设备跑完需要大约14个小时,检测代码是否能够正常运行的时间成本较高,因此采用将pmbc3样本中的2700个细胞,人工选择300个进行测试。
2023-07-28 20:26:57
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空空如也
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