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原创 SCENIC分析(四)

在python中将seurat格式的文件转换为loom,方便在pySCENIC中使用。在R语言中将seurat格式文件,转换为csv格式。使用seurat包,生成SEURAT格式的文件。

2023-07-29 00:00:07 256

原创 SCENIC分析(三)

由于pmbc3样本量太大,目前设备跑完需要大约14个小时,检测代码是否能够正常运行的时间成本较高,因此采用将pmbc3样本中的2700个细胞,人工选择300个进行测试。

2023-07-28 20:26:57 896 1

原创 SCENIC分析(二)

使用pbmc3k(来源是SeuratData)的数据集进行分析。

2023-07-24 23:26:11 181

原创 SCENIC分析(一)

以上为初步实现SCENIC示例(小鼠)的完整代码。

2023-07-24 23:01:20 722

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