DeepMedical周报：PubMed摘要搜索工具集成与优化-CSDN博客

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DeepMedical周报：PubMed摘要搜索工具集成与优化

一、项目背景

为提升DeepMedical智能体在医学文献检索和信息整合方面的能力，我们对PubMed摘要搜索工具的集成与使用进行了深入优化。目标是让researcher agent能够高效、准确地利用PubMed等权威数据库，自动获取、筛选和整合医学文献摘要，提升最终输出的专业性和权威性。

二、本周主要工作内容

本周主要完成了PubMed摘要搜索工具在DeepMedical系统中的集成与多轮优化，提升了医学文献检索的准确性与系统智能化水平。重点包括自动翻译、Agent工作流协同、摘要召回与排序等方面。

1. 工具集成与接口标准化

设计并实现了fast_abstract_tool，用于快速检索PubMed等数据库中的文献摘要。
优化了工具的输入输出接口，确保与agent系统的无缝集成。
增加了对异常情况（如无结果、网络异常等）的容错处理，提升了系统稳定性。

2. researcher agent调用逻辑优化

明确了researcher agent在处理医学相关问题时，优先调用摘要搜索工具。
通过prompt工程，规范了researcher的任务分解与摘要信息整合流程。
支持自动根据用户查询内容动态选择合适的检索关键词，提高检索相关性。
在多轮推理链中，确保摘要工具调用与后续内容综合分析的衔接。

3. 工作流与节点调整

结合实际需求，调整了agent工作流节点的连接方式，确保摘要工具在合适的阶段被调用。
通过日志与调试，定位并修复了因节点路由导致的摘要工具未被调用的问题。
对翻译节点与research节点的衔接进行了优化，保证非英文输入也能先被翻译再进行摘要检索。

4. 测试与效果验证

设计并执行了多组医学检索场景测试用例，包括常见疾病、治疗方案、药物等方向。
验证了摘要工具在不同输入场景下的准确性、召回率与系统健壮性。
收集并分析了用户反馈，不断优化工具调用策略和输出内容。

三、遇到的问题与解决方案

1. 节点未正确调用摘要工具

问题现象：
初期在多Agent协作流程中，researcher agent未能自动调用摘要工具，导致检索任务未被正确执行。

原因分析：

工作流节点连接顺序存在缺陷，摘要工具未被纳入关键路径。
节点间状态传递不规范，部分上下文信息丢失。

解决方法：

在graph/builder.py中调整节点连接，确保researcher agent在合适阶段调用摘要工具。
明确state结构，统一数据传递格式。

关键代码片段：

# graph/builder.py
workflow.add_node("coordinator", coordinator_node)
workflow.add_node("translator", translator_node)
workflow.add_node("planner", planner_node)
workflow.add_node("researcher", researcher_node)
workflow.connect("coordinator", "translator")
workflow.connect("translator", "planner")
workflow.connect("planner", "researcher")

2. 输入多语言适配

问题现象：
用户直接输入中文时，摘要检索失败。

原因分析：

未自动检测并翻译非英文输入，导致下游英文检索工具无法正确处理。

解决方法：

实现translator_node，自动检测并翻译中文。
修改coordinator_node逻辑，优先跳转至翻译节点。

关键代码片段：

# graph/nodes.py
def coordinator_node(state: State) -> Command[Literal["planner", "translator", "__end__"]]:
    user_input = state.get("user_input", "")
    if contains_chinese(user_input):
        return Command(next="translator", state=state)
    else:
        return Command(next="planner", state=state)

3. 接口异常与健壮性

问题现象：：摘要工具在遇到无结果或网络异常时，系统报错或中断。

原因分析：：缺乏异常处理和日志记录，影响系统稳定性。

解决方法：：在工具实现中增加异常捕获与日志输出，提升容错能力。

关键代码片段：

# tools/fast_abstract_tool.py
def fast_abstract_search(query: str) -> List[Dict]:
    try:
        results = keyword_search(query)
        sorted_results = semantic_sort(results, query)
        return sorted_results
    except Exception as e:
        logger.error(f"Abstract search error: {e}")
        return []