机器学习：主成分分析（PCA）

一、主成分分析（PCA）概述

主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种常用的数据降维方法。它通过线性变换将原始数据变换到一个新的坐标系中，使得第一个坐标（第一主成分）具有最大的方差，第二个坐标（第二主成分）具有次大的方差，以此类推。PCA的目的是从高维数据中提取出最重要的特征，通过保留最重要的主成分来实现数据的降维，同时尽可能保留原始数据的结构。

二、PCA算法

2.1 PCA算法步骤

1. 数据标准化：为了消除不同特征之间的量纲影响，通常需要对数据进行标准化处理，使得每个特征的均值为0，标准差为1。

2. 计算协方差矩阵：协方差矩阵描述了数据特征之间的相关性。对于标准化后的数据，协方差矩阵可以通过计算特征之间的协方差得到。

3. 计算特征值和特征向量：求解协方差矩阵的特征值和对应的特征向量。特征值和特征向量给出了数据的主要方向，即主成分。

4. 选择主成分：根据特征值的大小，选择前k个最大的特征值对应的特征向量，这些特征向量构成了新的特征空间。

5. 变换数据：将原始数据投影到新的特征空间中，得到降维后的数据。

2.2 PCA算法代码

        首先，先获取要进行PCA操作的数据集；

from numpy import *

# 获取数据集
def loadDataSet(fileName, delim = '\t'):
    fr = open(fileName)
    stringArr = [line.strip().split(delim) for line in fr.readlines()]
    datArr = [map(float,line) for line in stringArr]
    return mat(datArr)

以上述获取的数据集为例，描述PCA算法的实现步骤：

1. 首先计算并减去原始数据集的平均值；
2. 然后，计算协方差矩阵及其特征值，接着利用argsort( )函数对特征值进行从小到大的排序。根据特征值排序结果的逆序就可以得到topNfeat个最大的特征向量；
3. 这些特征向量将构成后面对数据进行转换的矩阵，该矩阵则利用N个特征将原始数据转换到新空间中。
4. 最后，原始数据被重构后，返回用于调试，同时降维之后的数据集也被返回了。

# PCA算法
def pca(dataMat, topNfeat = 99999999):
    #计算并减去原始数据集的平均值
    meanVals = mean(dataMat, axis = 0)
    meanRemoved = dataMat - meanVals

    #计算协方差矩阵和特征值
    covMat = cov(meanRemoved, rowvar = 0)
    eigVals, eigVects = linalg.eig(mat(covMat))

    #对特征值从小到大排序，并由其逆序得到特征向量
    eigValInd = argsort(eigVals)
    eigValInd = eigValInd[:-(topNfeat+1):-1]
    redEigVects = eigVects[:, eigValInd]

    #将数据转换到新空间
    lowDDataMat=  meanRemoved * redEigVects
    reconMat = (lowDDataMat * redEigVects.T) + meanVals

    return lowDDataMat, reconMat

2.3 PCA算法的优缺点

优点

• 降低数据维度：PCA可以有效地降低数据的维度，去除噪声和冗余特征，提高计算效率。
• 保留重要信息：通过保留最大的主成分，PCA可以保留数据中的大部分重要信息。
• 无需监督学习：PCA是一种无监督学习方法，不需要类别标签，适用于无法获取标签的数据。

缺点

• 线性假设：PCA假设数据的主要结构是线性的，对于非线性结构的数据可能不够有效。
• 解释性较差：降维后的主成分可能不容易解释，它们是原始特征的线性组合。
• 敏感度高：PCA对数据中的异常值比较敏感，异常值可能会对主成分的计算产生较大影响。

三、PCA算法的简单案例应用

        以Python库中自带的鸢尾花数据集iris为样本数据集实现PCA算法的简单应用；

3.1 获取数据集

        首先，先从Python库中下载数据集并赋值给储存数据集的变量X；

from sklearn import datasets
# 加载鸢尾花数据集
iris = datasets.load_iris()
X = iris.data

3.2 数据预处理

        对获取的数据集中的数据进行标准化处理，以便后续能够更好地应用PCA算法；

# 标准化数据
X_std = (X - X.mean(axis=0)) / X.std(axis=0)

3.3 PCA降维处理

        为了方便，我在这里直接调用Python库中自带的PCA算法的函数；

from sklearn.decomposition import PCA

# 设置PCA参数，这里我们选择保留90%的方差
pca = PCA(n_components=0.9)
X_pca = pca.fit_transform(X_std)

3.4 可视化降维前后的数据集

3.4.1 导入库包

        先导入Python中用于可视化的库包 matplotlib.pyplot；

# 可视化原始数据和降维后的数据
import matplotlib.pyplot as plt

3.4.2 可视化降维前的数据集

• 下面的图表显示了降维前的数据分布。这里我们只展示了前两个特征，但鸢尾花数据集实际上有四个特征维度。

可视化代码

# 原始数据
#plt.subplot(1, 2, 1)
plt.figure(figsize=(12, 6))
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=iris.target, edgecolor='k', alpha=0.7)
plt.xlabel('Sepal Length')
plt.ylabel('Sepal Width')
plt.title('Original Data')
plt.show()

降维前的数据集可视化结果展示

 3.4.3 可视化降维后的数据集

可视化代码

# 降维后的数据
#plt.subplot(1, 2, 2)
plt.figure(figsize=(12, 6));
plt.scatter(X_pca[:, 0], X_pca[:, 1], c=iris.target, edgecolor='k', alpha=0.7)
plt.xlabel('First Principal Component')
plt.ylabel('Second Principal Component')
plt.title('Data after PCA')
plt.show()

• 下面的图表显示了应用PCA并将数据降至两个主成分后的分布。可以看到，尽管数据被压缩到二维，但主要的聚类结构仍然被保留，不同类别的数据点仍然可以被清晰地区分开来。

降维后的数据集可视化结果展示

3.5 完整代码

from sklearn import datasets
# 加载鸢尾花数据集
iris = datasets.load_iris()
X = iris.data

# 标准化数据
X_std = (X - X.mean(axis=0)) / X.std(axis=0)

from sklearn.decomposition import PCA

# 设置PCA参数，这里我们选择保留90%的方差
pca = PCA(n_components=0.9)
X_pca = pca.fit_transform(X_std)

# 可视化原始数据和降维后的数据
import matplotlib.pyplot as plt

# 原始数据
#plt.subplot(1, 2, 1)
plt.figure(figsize=(12, 6))
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=iris.target, edgecolor='k', alpha=0.7)
plt.xlabel('Sepal Length')
plt.ylabel('Sepal Width')
plt.title('Original Data')
plt.show()

# 降维后的数据
#plt.subplot(1, 2, 2)
plt.figure(figsize=(12, 6));
plt.scatter(X_pca[:, 0], X_pca[:, 1], c=iris.target, edgecolor='k', alpha=0.7)
plt.xlabel('First Principal Component')
plt.ylabel('Second Principal Component')
plt.title('Data after PCA')
plt.show()

# 输出主成分的方差贡献率
explained_variance_ratio = pca.explained_variance_ratio_
print("主成分的方差贡献率：", explained_variance_ratio)

四、实验小结

        降维技术使得数据变得更易使用，并且它们往往能够去除数据中的噪声，使得其他机器学习任务更加精确。降维往往作为预处理步骤，在数据应用到其他算法之前清洗数据。有很多技术可以用于数据降维，如独立成分分析、因子分析和主成分分析比较流行，其中又以主成分分析应用最为广泛。

        PCA可以从数据中识别其主要特征，它是通过沿着数据最大方差方向旋转坐标轴来实现的。选择方差最大的方向作为第一条坐标轴，后续坐标轴则与前面的坐标轴正交。而其协方差矩阵上的特征值分析可以用一系列的正交坐标轴来获取。

        到这里，本篇博文的PCA算法的阐述与实现也告一段落了，希望大家都能在自己所喜欢的领域努力实现自己的小目标！！！