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RSS订阅原创 单细胞RNA-seq简介
基于标签的协议的一个缺点是，仅限于转录本的一端，它降低了我们将读数与转录本明确对齐的能力，并且难以区分不同的亚型（Archer et al. 2016）。提供最高的通量，是当今最流行的方法。，例如 Fluidigm 的 C1，提供了一个更加集成的系统，用于捕获细胞和进行文库制备所需的反应。例如，发现新的或稀有的细胞类型，识别健康/患病组织之间的差异细胞组成或了解发育过程中的细胞分化。然而，使用bulk RNA-seq，我们只能估计细胞群中每个基因的平均表达水平，而不考虑该样本中各个细胞的基因表达的异质性。
2023-11-05 00:31:46
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原创 掌握并行计算：R语言中的parallel与foreach包实战教程
今天，我们将探索R语言中两个强大的并行计算工具——parallel包和foreach包，学习如何有效地缩短程序运行时间，让计算飞起来！parallel包是R语言的基础包之一，支持在单台机器的多个核心上进行并行计算，特别适合于多核CPU的计算机。foreach是一个外部包，它提供了一个新的循环结构，可以轻松地进行并行化操作，且语法简洁。与传统的for循环相比，foreach不仅语法更清晰，而且并行化更简单。通过简单的修改，计算立即利用了所有可用的CPU核心！一、parallel包：多核心处理的利器。
2023-10-29 23:40:56
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原创 如何去除(O)PLS-DA中的样本标签并添加散点
（O）PLS-DA的主要目标是找出数据中最能表现出类别差异的方向，使得同一类别的样本在新的坐标系中尽可能近，不同类别的样本尽可能远。它通过PCA（主成分分析）和PLS（偏最小二乘）的结合，建立一个既能解释X（预测变量）的方差又能最大限度地解释Y（应变量）的模型。2.5 因变量为连续型数据（如age、bmi）时的OPLS图。2.3 因变量为连续型数据（如age、bmi）时的PLS图。2.4 因变量为离散型数据（如性别）时的OPLS-DA图。2.2 因变量为离散型数据（如性别）时的PLS-DA图。
2023-10-15 21:53:57
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空空如也
空空如也
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