Mac 下 Anaconda 安装 fealpy

主要记录用 Anaconda 安装 fealpy，既然要用 Anaconda 那么首先了解一下 Anaconda 到底是什么，可以参考 Anaconda 完全入门指南，以及熟悉一下 conda 的命令操作 (conda 常用命令) 可以帮助理解.

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我自己比较喜欢把不同的事情分开管理，所以这里单独创建一个名为 myFealpy 的 virtual environment:

conda create -n myFealpy python=3

接下来就是安装 fealpy，完全按照 fealpy 中 Ubuntu 下的第 1, 2 步安装步骤:

1. please install the python envieronment.

$ sudo apt install git            # The version control tool
$ sudo apt install python3        # The python3 interpretor 
$ sudo apt install python3-pip    # The PyPA recommended tool for installing Python packages.
$ sudo apt install python3-tk     # Python interface to Tcl/Tk used by matplotlib 

2. clone the latest fealpy from github or gitlab:

$ git clone https://github.com/weihuayi/fealpy.git

(假定第1,2步已经完成, 主要是安装 fealpy 的依赖库)
这里需要注意一下, 在最新的版本中可以按照如下的方式来安装 fealpy 依赖库 (下面命令中 -c conda-forge 可以去掉, 但是最好不要去掉)

$ conda install -n myFealpy -c conda-forge meshio
$ conda install -n myFealpy -c conda-forge meshpy  
$ conda install -n myFealpy -c conda-forge pyamg
$ conda install -n myFealpy -c conda-forge pyfftw
$ conda install -n myFealpy -c conda-forge vtk
$ conda install -n myFealpy -c conda-forge mpi4py
$ conda install -n myFealpy -c conda-forge petsc
$ conda install -n myFealpy -c conda-forge petsc4py

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然后我们看第3步，Ubuntu 下 cd fealpy/, 然后 sudo -H pip3 install -e ./，但是这里我们需要指定 pip 的位置(我的 Anaconda 直接装在了根目录下 /anaconda3 ):
(或者先 conda activate myFealpy 切换到 myFealpy 的 virtual env 下, 这样可以直接用 sudo -H pip install -e ./ 就可以了)

sudo -H /anaconda3/envs/myFealpy/bin/pip install -e ./

可以通过 conda info --env 或 conda env list 来查看 ‘‘env’’ 的具体安装路径.

另外需要注意的一点是 fealpy 给出了两种安装命令

sudo -H /anaconda3/envs/myFealpy/bin/pip install -e ./
 和 
sudo -H /anaconda3/envs/myFealpy/bin/pip install ./

但是我只有在用 sudo -H /anaconda3/envs/myFealpy/bin/pip install -e ./ 安装时才能运行里面的 examples，而用 sudo -H /anaconda3/envs/myFealpy/bin/pip install ./ 安装后，运行时总是出错：No module named 'fealpy'.

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另外想要运行多边形网格算例 (如 VEM 算例)，需要安装 meshpy，参见 meshpy 官网给的说明

1. Download MeshPy
2. $ cd MeshPy-VERSION # if you're not there already
$ ./configure
$ python setup.py install

而我自己则利用下面命令安装

sudo /anaconda3/envs/myFealpy/bin/python3 setup.py  install

但是 macOS 下安装 meshpy 会出问题，具体问题以及解决方法见：Some meshpy installation issue on MacOS mojave 10.14

I think the installation guide for macOS is quite uncompleted?
Following the guide for Linux, changing the command to brew for most packages, I had the following error while installing meshpy by running pip install meshpy

   ld: library not found for -lstdc++
   clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
   error: command 'g++' failed with exit status 1

This error can be caused by Xcode being not up-to-date, run xcode-select --install will do. Then run brew config to make sure CLT has a version.
After installing the CLT of Xcode, go to /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/, execute the package there macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg would add lstdc++ back to the header.
Now all the .ipynb files in doc can be run without an issue.

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以及安装 pyfftw 到 myFealpy 下
sudo conda install -n myFealpy -c conda-forge pyfftw