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RSS订阅原创 获取任意物种的注释基因组的基因区域
本文介绍了从NCBI Genome获取基因编码区域参考数据的方法：1)在NCBI Genome搜索目标物种并选择带✅️的基因组；2)下载全选基因信息为TSV文件；3)数据处理步骤包括筛选染色体、转换链信息、添加"chr"前缀、整理列顺序等；4)最终保存为BED格式文件并转换换行符。该方法适用于哺乳动物转录组数据分析中获取基因编码区域参考数据。
2026-01-07 20:16:54
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原创 Spacexr 运行RCTD卡死的问题：解决办法
本文分析了RCTD算法在Spacexr(v2.2.1)中卡死的问题。发现主要原因是prob_model.R中的solve_sq函数未能正确处理三对角矩阵的求逆操作，导致437x437矩阵的通用求逆计算耗时过长。通过将矩阵转换为稀疏矩阵格式（TsparseMatrix）并修正返回值的bug，显著提升了计算效率。解决方案已上传至GitHub分支LuYuxiaoPKU/spacexr_2.2.1，用户可通过devtools重新安装修复后的版本。该优化解决了算法在full模式下长时间卡顿的问题。
2026-01-02 14:22:34
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原创 MEME : Cannot convert EPS file to PNG as no install of Image Magick or Ghostscript is usable.
发现/Share/Environment/meme/bin/gs不存在。在conda环境中安装perl xml parser后解决。在conda环境中安装ghostscript 后解决。使用conda安装MEME。
2025-02-19 22:58:48
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原创 Deeptools plotHeatmap (v3.5.5): AttributeError: module ‘numpy‘ has no attribute ‘NAN‘
在这里我们将deeptools所属环境下的/lib/python3.12/site-packages/deeptools/heatmapper.py。在conda中安装最新的deeptools(2024年12月31日，3.5.5版本)后，运行plotHeatmap出现错误。发现原因是从NumPy 2.0版本开始，np.NaN被移除。
2025-01-01 15:49:01
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空空如也
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