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inter_key_inter_resultRAID数据从raid数据库下载RRI1第二个RRI1RRI_mRNAmRNA_coreRRI_mRNA_coreMyopia_highly_related_mRNA.txRRI_Myopia_highly_related_mRNA第二个RRI 高度相关的mRNA高度相关的M然RRI3第二个RRI3RRI4第二个RRI4第三个RRI4RRI_Mypoia...
2018-03-18 00:37:00
1796
转载 projiectsection第一个文件
groupdatadesign colnames(design)rownames(design)fitfitebays 之后的fitprobeplotsummaryyavelimfit之后的fitgene-levelsummary 2tempoutfiletempoutputcat
2018-03-16 00:16:15
410
project
groupdatadesign colnames(design)rownames(design)fitfitebays 之后的fitprobeplotsummaryyavelimfit之后的fitgene-levelsummary 2
2018-03-15 23:53:05
178
string数据库
What does the columns in proteins.actions file mean? Top ↑ Here is a brief explanation of the column names for the action evidence.item_id_a - identifier of protein Aitem_id_b - identifier of protein ...
2018-03-09 08:07:12
4258
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转载 Cytoscape使用教程
Cytoscape之操作界面介绍http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484184&idx=1&sn=2384ba8a6a6ea3ed7dac1b42217c710a&scene=21#wechat_redirect酷炫的网略图怎么绘制 - Cytoscape教程（一）http://mp.w...
2018-02-28 00:33:19
18040
转载 string数据哭使用和实践目录
一string Database介绍功能 数据库 算法二网页展示页面 结果 附属信息数据处理流程 参数 后续分析
2018-02-27 23:08:48
397
转载 string数据库使用和实践第三部分数据处理 流程-参数--后续分析
流程1.首先要获取蛋白质列表（单个/多个）格式：蛋白名称为一个占一行，或者氨基酸序列的通用格式。ID类别：可以为一种，可以为多种混合2.在对应的数据框中输入蛋白质列表或者上传列表文件后，选择对应的物种。如果知道物种，可以直接进行下拉选择。如果不知道，可以选择自动获取3.选择好对应模式之后（默认为protein模式），点击“GO！"到识别页面 为了后续方便识别，建议对结果进行核查并记录有变化的结果4...
2018-02-27 23:07:14
9614
1
转载 string数据库使用和实践的第二部分网页展示http://string-db.org/
主页protein-mode该模式中，string数据库能够预测到特定物种中的某一个蛋白质的相互作用关系通过该模式可以获取最多的特异性，但是覆盖面就会较小一些，原因是该模式中，string不会准确的去获取其他物种的直系同源物，取而代之的是通过序列中的相似性搜索来估计直系同源简单来说，物种间的相互作用关系信息的传递是基于“degree or orthology(直系同源度）”，（一种string用来...
2018-02-27 19:30:56
7497
转载 string数据库使用和实践第一部分string数据库介绍
背景为什么要寻找蛋白质互做关系？因为只有正确地发现和注释细胞中的所有功能性的相互作用关系，才能对细胞的功能进行系统层面的学习和理解。大家在收集和展现蛋白质相互作用的信息上，一直在努力地跟上相互作用关系探索的步伐近年来，无论是在实验观测和计算机预测技术都得到了显著的进步。但是，蛋白质蛋白质相互作用的信息比较容易出错，而且乣相当大的工作量来进行注释资源分类？1有些数据库，他们的主要目的是收集和策展与蛋...
2018-02-27 18:35:42
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转载 Bioconductor分析基因芯片数据第五章
使读者初步了解使用Bionconductor完成基因芯片预处理的流程接着详细讲解戏弄i按预处理和数据分析等内容最后深入了解实际工作中会遇到的芯片处理问题以及如何用学到的只是解决问题目的：掌握芯片分析的整体框架，自行学习其他厂商或种类（例如SNP芯片或CHIP-chip芯片）的芯片处理方法5.1快速入门例5-1 从数据包CLL中载入芯片数据，完成预处理，最后获得基因（探针组）表达矩阵。注意，探针组表...
2018-02-21 20:29:29
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Bioconductor分析基因芯片数据
使读者初步了解使用Bionconductor完成基因芯片预处理的流程接着详细讲解戏弄i按预处理和数据分析等内容最后深入了解实际工作中会遇到的芯片处理问题以及如何用学到的只是解决问题目的：掌握芯片分析的整体框架，自行学习其他厂商或种类（例如SNP芯片或CHIP-chip芯片）的芯片处理方法5.1快速入门例5-1 从数据包CLL中载入芯片数据，完成预处理，最后获得基因（探针组）表达矩阵。注意，探针组表...
2018-02-20 08:18:06
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R软件-ggplot2 画火山图
R软件ggplot2 1 导入包 # 帮助文档链接：http://docs.ggplot2.org/current/library(ggplot2) 2.改变工作路径，将工作路径改变到数据存放的文件夹下3.读取数据：isoforms.filter.tsvisoforms.filter.tsv表格内容： id R0_count R3_count R0_fpkm R3_fpkm log2FC Pval...
2018-02-10 18:22:32
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如何看懂火山图
下面我们就说明下如何看懂和绘制火山图。标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P<0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)>=2.0作为标准。当我们拿到基因表达的P值和倍数后，为了用火山图展示结果，一般需要把倍数进行Log2的转化，比如某基因在实验组表达水平是对照组的4倍，log2（4）=2，同样的如果是1/4，也就是0.25，转换后...
2018-02-09 17:51:45
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转载 R语言数据处理包dplyr、tidyr笔记
dplyr包是Hadley Wickham的新作，主要用于数据清洗和整理，该包专注dataframe数据格式，从而大幅提高了数据处理速度，并且提供了与其它数据库的接口；tidyr包的作者是Hadley Wickham， 该包用于“tidy”你的数据，这个包常跟dplyr结合使用。本文将介绍dplyr包的下述五个函数用法：筛选: filter()排列: arrange()选择: sele
2018-02-07 09:04:41
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转载 R的相应目录part1
part1 第一部分入门第一章 R语言介绍p10 R中的帮助函数p11 用于管理R工作空间的函数p12 用于保存图形输出的函数第二章 创建数据集p41 处理数据对象的实用函数第三章 图形初阶p49 用于指定颜色的参数p50 用于指定文本大小的参数p51 用于指定字体族、字号和字样的参数p52 用于控制尺寸和边界大小的参数p54-55
2018-01-27 00:07:34
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转载 WGCNA 课程56个样本基因的代码
首先把多个TXT文件合并为矩阵 用GIT ##lsawk '{print FILENAME"\t"$0}' * |headawk '{print FILENAME"\t"$0}' * |grep -v 名字 >tmp.txtwc tmp.txtlibrary(WGCNA)options(stringsAsFactors = FALSE)enableWGCNAThread
2018-01-26 22:47:27
2849
空空如也
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