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RSS订阅原创 如何对网页上的内容进行批量下载
例如，当我们要从如下网页进行批量下载这些内容时，应该怎么办呢？我们可能想到的是把这些地址的共同部分存到一个文本文件中，然后用for循环迭代文本中的每一行进行下载。那我们应该怎么做呢？首先，将保存网页；接下来，cat网页：可以看到cat出来的内容时杂乱无章的，那我们怎么提取我们需要的地址呢？这是awk就派上用场啦。我们可以利用awk对cat的文本文件进行再次编辑：可以发现，我们可以设置...
2019-07-09 22:53:38
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原创 直系同源基因（orthologous gene）和旁系同源基因（paralogous gene）
在进化过程中，新基因通常来自事先存在的基因，新基因的功能从先前基因的功能进化而来。新基因的原材料来自基因组区域的重复，这种重复可包括一个或多个基因。 作为物种形成的伴随事件而被重复，并继续保持相同功能的基因，称为直系同源基因（orthologous gene）。新的基因功能可由在单个物种的基因组中发生的重复引起的。在一个基因组内部的重复导致旁系同源基因（paralogousg...
2019-07-04 15:36:00
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原创 物种树（Species Tree）和基因树（Gene Tree）
认为来自不同物种的一组基因的进化关系（基因树，gene tree）与这些物种本身的进化关系（物种树，species tree）一定相同，似乎是合理的，因为这些基因存在于这些物种的基因组中。但情况并非如此。基因树不一定与物种树相同。 基因树可以和物种树不同，一种情况如下图所示。祖先种群最先固定了A1等位基因（顶部），但随后发生了A2突变，使该群体变成多态性...
2019-07-01 09:42:00
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原创 自举检验(bootstrapping)介绍
基因树是对一组序列进化关系真实模式的一个估计. 说基因树是一种估计,是因为在置换数目上存在随机变异,因而真实的基因树是未知的. 可以料到,在基因树中,短的分支比长的分支不可靠.那么可用什么标准来评价某一特定分支顺序的可靠性呢?例如,在图17.1C中,那些数据是否真的可以将Mo/Ha谱系与Hu/Ba/Co/Sh谱系之前的共同祖先分割开呢? 评价基因树中某个节点的可靠性的一种常用...
2019-06-30 22:33:00
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原创 devtools::install_github()无法安装问题
devtools::install_github('royfrancis/pophelper')Downloading GitHub repo royfrancis/pophelper@masterError in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : cannot open URL 'https:...
2019-06-30 12:21:00
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原创 Linux下Rstudio安装包遇到的权限不足问题
在Linux下使用gdebi安装Rstudio,由于安装包的默认位置是在/usr/lib/R/site-library,而这些位置是需要ROOT权限的,所以我们安装的时候总是报错,有两种办法可以解决: (1) .libPaths()查看你的安装路径,逐一给予权限 sudo chmod 755 <目标路径> (2)进入Rstudio,按如下步骤...
2019-06-26 00:27:00
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空空如也
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