利用Cartes求两个苯环的夹角

最新推荐文章于 2024-09-08 07:34:46 发布

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利用Cartes求两个苯环的夹角

2004-10-14

有时我们会遇到类似这样的问题 [1] ：如何计算联苯（biphenyl ）分子的扭转角（twist angle, 即两个苯环平面的夹角）? Cartes v1.3.2 以上版本就能轻松而完美地解决这个问题。

联苯（biphenyl）分子的结构示意图

Cartes 给出了最好的思路：每个苯环由6 个原子构成，但这6 个原子并非完完全全正好处在同一平面上。那么任何确定苯环“平面”呢？Cartes 认为一个最好的平面就是这6 个碳原子所确定的最小二乘平面，即6 个碳原子到这个平面的距离的平方和最小。这样联苯的扭转角就等于第一个苯环的最小二乘平面与第二个苯环的最小二乘平面的所交的角。

下面是详细操作步骤：

用Cartes 打开联苯分子的坐标文件，选择“工具”> “几何参数”，如下图：

这时打开了“几何参数”对话框。由于我们所要求的是两个平面的夹角，所以在第一个下拉菜单中选择“夹角”，如下图：

下面我们来定义第一个苯环平面：

在第二个下拉菜单中选择“平面A ”，如下图：

点击这个下拉菜单下面的“向导”按钮，如下图：

在弹出的“平面的定义向导”对话框中选择“由一组共面原子所确定的最小二乘平面”，点击“共面分析… ”按钮，如下图：

这时就会弹出“共面分析”的对话框，如下图：

我们将在原子选择的列表框中选择第一个苯环上的原子，为此我们切换到“三维结构查看器”中，显示原子标号（右键菜单：Tools > Labels > Add ），如下图：

可见C1-C6 这6 个原子构成第一个苯环，C7-C12 构成第二个苯环。于是我们在“共面分析”对话框的原子列表中选择C1 ，C2 ，C3 ，C4 ，C5 和C6 ，再点击“计算”，这时Cartes 就给出了由C1-C6 这6 个原子所构成的第一个苯环的共面情况，如下图：

可以看到，均方根偏差很小，表明这六个碳原子的共面性很好，几乎就处在一个平面上。

点击“确定”后返回到前面的“平面的定义向导”中，再点击“确定”返回到“几何参数”对话框中，这时第一个苯环的最小二乘平面的几何参数就自动添加到了平面A 的文本框中了，如下图：

然后我们用同样的方法来确定平面B ——由C7-C12 所构成的第二个苯环的最小二乘平面，结果如下：

最后，点击“计算”按钮，得到精确度高达小数点后14 位的结果，如下图：

细心的你会发现，这个夹角是钝角，而一般来说平面的夹角都是锐角。其实原因很简单，因为在Cartes 中平面都是有“方向”的，其“方向”就是它的法向矢量（注意：法向矢量是有方向的，而法线是没有方向的），因此，两个平面的夹角的范围就在0~180 度之间（注意：在键参数二面角的定义中，由4 个有序原子所定义的二面角的范围在-180~180 度之间，相关细节请参见内坐标（Z-Matrix ）的资料。在Cartes 中，键参数的二面角也是在-180~180 度之间的，且其定义与众所周知的内坐标（Z-Matrix ）里的定义是一致的）。不过，一般来说两个苯环的扭转角还是用锐角来表示，所以就应该是我们得到的角度的补角。其实，我们可以来个小技巧来完成这最后一步工作：将平面A （或者平面B ）的法向矢量反转，即在各个分量的文本框中的数字全部取相反数，再重新点击“计算”，结果如下图：

这样，Cartes 告诉我们这个联苯分子的扭转角是39.80 度。

以上仅仅是一个简单的例子。其实Cartes 可以告诉你一个分子中许多结构参数的细节，这里我就不再详细探讨了，希望大家能自己摸索。

附注：