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R
文章平均质量分 90
兔兔包点吃机
这个作者很懒,什么都没留下…
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R语言用列数据画PCA带椭圆图
之前找了很多信息,见到的都是用行画PCA,用列的大多都是使用fviz_pca_var这个函数,但这个函数椭圆我又死活加不上,再加上画椭圆时的分组信息又没法加在原数据里,纠结了很久。但最后还是被我试出来了。先放个原数据格式:data = read.csv("G:/TPTNW.csv",row.names = "gene_id")#这是分组信息datagroup = read.csv("G:/TPTNWgroup.csv")#t()用于转换矩阵行列,用起来方便省事verdata = t(data原创 2020-05-14 23:14:54 · 6349 阅读 · 4 评论 -
【R】ggpubr包与“extract”函数冲突
library(ggplot2)library(tidyverse)library(readxl)library(ggpubr) #与extract函数冲突,删掉就不会报错了#整合数据data <- read_xlsx("data1.xlsx",col_names = TRUE,range = "B3:Z1151")data_extracted<-extract(data,...原创 2019-11-17 00:09:29 · 429 阅读 · 0 评论 -
【R】绘制热图(突变处,横纵坐标为原、替换氨基酸)
原数据格式:library(pheatmap)a=read.table('G:/AAPP2.txt',comment.char = '!',header = T) #导入数据write.csv(a,'a1.csv')rownames(a)=a[,1] #把第一列设为列名a=a[,-1] #删除第一列a=a[,-21] #删除最后一列总计pheatmap(a,scale="row",...原创 2019-11-12 16:40:59 · 1801 阅读 · 0 评论 -
R语言:GO富集分析,KEGG分析
版本R3.6.0参考:Gene_ID转换、GO+KEGG+Reactome | ClusterProfiler+ReactomePA转录组学习(功能富集分析)BiocManager::install("AnnotationHub") #下载安装数据包,缺少的数据包都可以这样安装library(AnnotationHub) #library导入需要使用的数据包library(org.Hs...原创 2019-05-08 03:08:44 · 56683 阅读 · 6 评论