【文献分享】d-SEAMS程序：用于分子模拟的递延结构解析分析

题目：

d-SEAMS: Deferred Structural Elucidation Analysis for Molecular Simulations.

链接：DOI: 10.1021/acs.jcim.0c00031

 d-SEAMS：用于分子模拟的递延结构解析分析。

结构分析是成核和过冷水计算研究不可或缺的部分，其准确性和效率会影响此类研究的有效性和可行性。这些冰冷的，易计算的过程的潜在分子机制可以通过使用适当的结构分析技术确定的冰状结构的演化来推断。我们提出了d-SEAMS，这是一种用于分析分子动力学轨迹的免费开源开源后处理引擎，它特别能够对强约束和大体积系统中的冰结构进行定性分类。第一次，用于封闭冰结构确定的最新算法，连同用于大块冰结构确定的拓扑网络标准一起被实施。我们还提出并验证了用于识别准一维冰的构造块的新的顺序参数。d-SEAMS认识到在结构分析中需要自定义的需求，因此具有使用nix构建并采用YAML-Lua脚本编制管道的独特代码架构。该软件已被设计为用户友好和可扩展的。引擎输出与流行的图形软件套件兼容，从而可以立即直观地了解所研究的系统。我们通过使用d-SEAMS来分析整体状态下的成核以及准一维和准二维系统，从而展示了d-SEAMS的功能。确定了结构时间演变和定量指标，以确定暴露于银的β-AgI表面上的非均质冰核化，均质冰核化，平坦的单层正方形冰形成，

  

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