- 博客(23)
- 资源 (3)
- 问答 (1)
- 收藏
- 关注
原创 Latex编辑器Visual Studio Code安装和配置
总共要安装的软件有四个:Tex Live Visual Studio Code (VSCode) LaTex Workshop插件 Sumatra PDF1. Tex Live下载:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/Images/texlive2021.iso安装:右键点击.iso文件里的install-tl-windows.bat,以管理员身份运行,安装,安装时间比较长,请耐心等待。2. Visua.
2021-06-25 19:39:57
576
原创 用GDCM对DICOM文件进行压缩或者解压
安装好GDCM后,可以用gdcmconv命令对未压缩过的DICOM文件进行压缩,或者对压缩过的DICOM文件进行解压,可以用如下命令查看gdcmconv的使用方法:gdcmconv --help或者
2021-06-11 23:46:43
1668
原创 win10安装GDCM以期用pydicom读取jpeg无损压缩过的DICOM文件
可以通过查看DICOM以下Tag来判断DICOM文件是否压缩过:
2021-06-11 23:01:42
4788
原创 MobaXterm在4K屏幕下的兼容性设置
最近换了个4K屏,MobaXterm在ssh命令行打开的Pycharm界面,字体较模糊,解决办法如下:鼠标右键点击MobaXterm桌面快捷方式,点击属性->兼容性
2021-05-31 11:37:22
1464
1
原创 Voxel2Mesh程序运行常见问题
最近在跑Voxel2Mesh: 3D Mesh Model Generation from Volumetric Data (https://github.com/cvlab-epfl/voxel2mesh)的代码时,由于环境问题,出现了很多问题,总结如下:程序在运行过程中,要import rasterize_cuda,这个包是用c++和CUDA写的,在导入该包之前,rasterize.py文件的开头用了如下代码来编译这个包:from torch.utils.cpp_extension impor
2021-05-13 15:16:30
1265
原创 DICOM图像坐标系和病人坐标系的相互转换
本代码是https://nipy.org/nibabel/dicom/dicom_orientation.html#dicom-slice-affine的实现,关于两个坐标系的描述,可参考:https://www.cnblogs.com/zhhfan/p/9936945.html需求:在Mimics中对3D图像中的关键点进行了标注,保存了关键点的坐标,该坐标属于病人坐标系,在做关键点检测时,需要把病人坐标系中的点坐标映射到图像坐标系。代码如下:import osimport numpy as
2021-04-23 11:42:45
2775
6
转载 准确率、精准率、召回率、F1,我们真了解这些评价指标的意义吗?
见http://www.dataguru.cn/article-15646-1.html
2021-04-12 11:07:40
312
原创 python求heatmaps图像上的极大值点
需求:给定10个关键点的heatmaps(大小为),对其沿着第0个通道求和后得到总的heatmap(大小为),求heatmap上的极大值点(即关键点)。代码如下:import osimport SimpleITK as sitkimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom skimage.feature import peak_local_maxdef generate_heatmaps(image, spacing, gt_
2021-03-05 11:49:46
1416
3
原创 Python利用pandas在一个excel表格中写入多个data sheet
@TOC(Python利用pandas在一个excel表格中写入多个data sheet)import numpy as npimport osimport pandas as pddata_dir = 'G:\\ImageData\\Dense_Spine_Axial\\Nerve\\Result'data = dict()data['case'] = np.linspace(1, 10, 10)data['L4'] = np.random.randn(10)data['L5'] = np.
2021-01-24 13:47:15
491
原创 Pytorch Dataset导致NAN
在用pytorch写Dataset类时,以下写法有问题:from torch.utils.data import Datasetclass H5Dataset(Dataset): def __len__(self): return self.raw.shape[0] * 10 def __getitem__(self, index): index = index % self.raw.shape[0] return self.raw
2020-09-18 10:54:59
149
原创 CSC联合培养加拿大工签攻略
最近有人问我加拿大签证的事,当时我写了攻略,现在放到博客上吧,希望能帮到大家。本人申请了CSC联合培养博士项目,听外导说加拿大的工签需要三个月才出签,所以在提交了CSC申请材料后(CSC还没出结果),我就开始着手准备签证的材料了。签证类别:工作签证(访问学者身份)我2017年4月26日在广州的加拿大签证中心递交了签证材料,5月24日就收到签证了。关于签证所需所有材料,见如下英文网站的5923表:http://www.cic.gc.ca/english/information/app.
2020-07-16 16:14:02
7729
4
原创 关于F.grid_sample中的坐标系理解
torch.nn.functional.grid_sample()函数的参数grid,表示的是范围为[-1, 1]坐标系下的(x, y, z),坐标与数组的对应关系是:x -> w, y -> h, z -> d,测试代码如下:import numpy as npfrom torch.nn import functional as Fimport torchif __name__ == '__main__': d, h, w = 8, 10, 12 input
2020-06-02 17:56:57
2717
原创 解决存储阵列无法挂载,或者挂载成功后,重启服务器后存储阵列又要重新挂载
环境:ubuntu18.04问题:我要把存储阵列挂载到目录/public,但是这个目录无法挂载存储阵列,或者挂载成功后,重启服务器后存储阵列又要重新挂载,而挂载到其他目录就没有问题。原因分析:/public目录被多次挂载了。解决:fdisk -l可以看到返回的信息里面,有一行如上图所示,存储阵列的名字是/dev/sdb,用如下命令查看存储阵列的uuid:ls -l /d...
2020-04-27 11:50:53
2853
原创 解决Cannot uninstall 'wrapt'.
问题:Cannot uninstall 'wrapt'. It is a distutils installed project and thus we cannot accurately determine which files belong to it which would lead to only a partial uninstall.解决:pip install -U --i...
2020-04-27 11:34:54
770
原创 nvidia-smi无法使用,报错NVIDIA-SMI has failed because it couldn’t communicate with the NVIDIA driver
系统:ubuntu 18.04问题:nvidia-smi命令无法使用,报如下错误:NVIDIA-SMI has failed because it couldn’t communicate with the NVIDIA driver. Make sure that the latest NVIDIA driver is installed and running解决方法:1. 查...
2020-04-27 11:32:19
4398
3
原创 解决FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating`
FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated. In future, it will be treated as `np.float64 == np.dtype(float).type`. from ._conv import re...
2020-04-27 11:15:09
411
原创 解决UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list.
UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment. 'Matplotlib is building the font cache using fc-list. '的解决办法:pip install --upgrade matplotlib
2020-04-27 11:13:09
3944
原创 pycharm不能自动补全某些函数
在使用pycharm过程中,我发现很多pytorch的函数不能自动补全,也无法查看相应的源码,如torch.nn等。解决办法:在pycharm中,点击File -> Settings -> Editor -> File Types,如下图,在Registered Patterns中增加*.pyi即可。...
2020-04-27 11:07:05
5192
原创 Mask-RCNN中PyramidROIAlign的理解
最近在用Mask-RCNN来做目标检测,所用代码为:https://github.com/matterport/Mask_RCNN在model.py文件的PyramidROIAlign类中,有如下两行代码:roi_level = log2_graph(tf.sqrt(h * w) / (224.0 / tf.sqrt(image_area)))roi_level = tf.mini...
2018-08-22 23:05:40
3508
10
原创 哈希编码学习(一)
在信息检索中,我们给定一个query,要从训练集中检索出和它匹配的信息,一种简单的方法是计算该query与训练集中的每个样本的欧氏距离,然后对所有样本的欧氏距离进行升序排序,取出前k个近邻,从而得到搜索的结果。通常情况下,训练集中样本的个数非常大,并且每个样本的维度也不低,计算欧氏距离所需要的时间和空间复杂度都比较高,为了能实时地得到搜索的结果,必须要想出一个方案,用来减少计算复杂度。我们知道,计
2016-08-26 15:26:50
4089
转载 信息检索(IR)的评价指标介绍 - 准确率、召回率、F1、mAP、ROC、AUC
原文链接:http://blog.csdn.net/marising/article/details/6543943在信息检索、分类体系中,有一系列的指标,搞清楚这些指标对于评价检索和分类性能非常重要,因此最近根据网友的博客做了一个汇总。准确率、召回率、F1信息检索、分类、识别、翻译等领域两个最基本指标是召回率(Recall Rate)和准确率(Precision Rate
2016-08-26 14:54:50
1084
南方医科大学博士毕业论文参考文献格式endnote style
2019-08-14
SimpleITK的GetSpacing()得到的pixel spacing为什么不对?
2021-06-12
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人