mac os 新系统配置— anaconda安装及管理——TensorFlow安装及加速

创建系统变量，修改~/.bash_profile文件

//打开系统变量配置文件，如果没有的话 touch ./.bash_profile，然后再open
open ./.bash_profile
//编辑修改文件
alias ll='ls -alF'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'
//保存后，运行如下命令即可生效
source ./.bash_profile

※ 修改完.bash_profile文件，一定要运行：source ./.bash_profile。

安装Iterm代替终端，安装sublime文本编辑器。

在python2.7版本下安装pip

$ sudo easy_install pip
Password:
Searching for pip
Reading https://pypi.python.org/simple/pip/
Download error on https://pypi.python.org/simple/pip/: [SSL: TLSV1_ALERT_PROTOCOL_VERSION] tlsv1 alert protocol version (_ssl.c:590) -- Some packages may not be found!
Couldn't find index page for 'pip' (maybe misspelled?)
Scanning index of all packages (this may take a while)
Reading https://pypi.python.org/simple/
Download error on https://pypi.python.org/simple/: [SSL: TLSV1_ALERT_PROTOCOL_VERSION] tlsv1 alert protocol version (_ssl.c:590) -- Some packages may not be found!
No local packages or download links found for pip
error: Could not find suitable distribution for Requirement.parse('pip')

解决方案：
curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
sudo python get-pip.py

安装idea、pycharm

1.idea官网下载：Download IntelliJ IDEA: The Capable & Ergonomic Java IDE by JetBrains，

下载后的idea，需要重新安装下载jdk1.8，不能从idea上直接set up jdk，这个版本是1.4的样子。

打开终端，输入：/usr/libexec/java_home -V  //注意：输入命令参数区分大小写(-v是不对的，必须是-V)

可以查看当前Mac已安装jdk目录。

安装python的包管理器anaconda。

1.anaconda的下载链接：Index of /anaconda/archive/ | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror，选择pkg安装包。添加清华镜像：anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror。

2.配置环境变量，这个不用手动添加了，上面的安装包安装后，自动在/.bash_profile中添加了anaconda。

常用操作命令：
一、环境操作
1.查看环境管理的全部命令帮助：conda env -h
2.查看当前系统下的环境：conda info -e
3.创建环境：conda create env_name  (env_name)是环境名称,这条命令将会给Biopython创建一个新的环境，位置在Anaconda安装文件的/envs/snowflakes
4.创建指定python版本的环境：conda create env_name python=3.6 (3.6为python的版本，根据自己的需要更改)
5.创建包含某些包的环境：conda create -n env_name numpy scipy
6.创建指定python版本下包含某些包的环境：
conda create env_name python=3.6  numpy scipy
7.激活（进入）某个环境：
新的开发环境会被默认安装在conda目录下envs文件目录下,你可以指定一个其他的路径；
如果没有指定安装python的版本，conda会安装最初安装conda时所装的那个版本的python。
windows:activate env_name
mac:conda activate env_name
7.退出某个环境：conda deactivate env_name
8.复制某个环境：conda create new_env_name old_env_name
9.删除某个环境：conda remove env_name
二、包管理
查看已安装的包：conda list
查看指定环境下的包：conda list -n xxx
查找包：conda search xxx
更新包：conda update xxx
安装包：conda install xxx
pip install xxx
指定的安装环境：conda install -n env_name xxx
安装anaconda发行版中所有的包:conda install anaconda
卸载包：conda remove xxx
三、管理conda
检查conda版本：conda --version
升级当前版本的conda：conda update conda

conda安装的内容：

conda install numpy
conda install jupyter notebook
conda install scipy
conda install matplotlib
conda install scikit-learn

3.在pycharm上新建一个工程，选择anaconda编译环境。第一次配置的时候，选择anaconda后，终端conda命令才生效。

如果不进行配置，在终端使用conda命令时，会报错：

-bash: conda: command not found

另外，在安装pytorch时候，设置清华镜像，修改了condarc文件，网上的链接不可全信，特别是修改channel时，一定要备份，实在不行至少还能还原回来。导致第一次安装的conda命令失灵了，卸载(将安装文件删除，隐藏文件也要删除，.bash_profile文件中的配置也删除，并且要source ~/.bash_profile，让文件生效，在application中，删除图标。关机重启了一次。)，重新下载一个比当前版本老的anaconda安装包，重新安装。

使用conda安装numpy时，如果网络不好，会报出下面错误：

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64/mkl-2019.4-233.tar.bz2>
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

解决办法：重试conda install numpy，这里没有去修改channel，不要迫不得己不要修改condarc文件。

Anaconda找包，安装包时，遇到PackageNotFoundError： ''Package missing in current channels"

解决方法可参考：Anaconda找包，安装包时，遇到PackageNotFoundError： ''Package missing in current channels"_ZeroZone零域的博客-CSDN博客_packagenotfounderror

安装TensorFlow：

pip install tensorflow==1.14

报错：ReadTimeoutError: HTTPSConnectionPool(host='files.pythonhosted.org', port=443): Read timed out.

解决办法：

 pip install -i https://pypi.douban.com/simple <需要安装的包>
    比如：
    pip install -i https://pypi.douban.com/simple tensorflow

国内源：
    http://pypi.douban.com/ 豆瓣
    http://pypi.hustunique.com/ 华中理工大学
    http://pypi.sdutlinux.org/ 山东理工大学
    http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/ 中国科学技术大学

安装固定版本的Python包

以安装numpy为例

一般的安装命令为pip install numpy，这样一般会自动安装最新稳定版的numpy

因为某些原因，我们需要安装指定版本的numpy，例如1.13.1版本，则可以使用命令pip install -v numpy==1.13.1，这里面关键就是使用==指定相应版本。

通过pip show查看pandas等安装包所需要的依赖

pip show pandas

输出：
(base) C0:~ alsc$ pip show pandas
Name: pandas
Version: 1.3.4
Summary: Powerful data structures for data analysis, time series, and statistics
Home-page: https://pandas.pydata.org
Author: The Pandas Development Team
Author-email: pandas-dev@python.org
License: BSD-3-Clause
Location: /Users/alsc/opt/anaconda3/lib/python3.9/site-packages
Requires: python-dateutil, pytz, numpy
Required-by: statsmodels, seaborn

参考：

1.anaconda：mac下anaconda的安装及简单使用_Trouble_QinQinQin的博客-CSDN博客_mac anaconda