毕业材料准备
文章平均质量分 79
敢敢J的憨憨L
泼墨吹烛,我自赏遍红尘蒹葭,点笔寒桠,为你温纸入画。
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给定空间的四个点的笛卡尔积坐标,使用python、shell计算二面角
其中A,B,C,D是以列表形式给出的直角坐标 (例如: A = [x, y, z] )给出4个原子的坐标A、B、C、D(应该是笛卡尔坐标,内坐标的话也就不需要算了)注意4个原子的顺序(这涉及到二面角的大小,正负,可以参考各种分子可视化软件的选择二面角方法)求三个向量a = B-A, b = C-B, c = D-C(这一步需要注意减法的顺序,因为这决定了向量的方向,从而决定了平面法向量的方向)使用数学上向量的方法叉乘,n1=a×b,n2=b×c;原创 2022-10-28 22:07:21 · 487 阅读 · 0 评论 -
关于训练时,最后一轮batch_size=1的报错
当Batch Normalization设为训练模式时(通过训练样本学习均值和方差),拒绝任何batch-size为1的情况。至于原因,简单地说就是BN归一化是依靠当前mini-batch的均值和方差进行归一化的,如果batch-size太小,显然所谓的均值和方差并不能代表不同sample之间的差距,各个mini-batch归一化结果的差异会非常大,归一化就没有意义了。另外,当batch-size设为1时,BN的结果近似于IN。,还有一种情况就是,在最后一轮的时候。基本上现在不会直接设置。原创 2022-10-01 21:23:30 · 2645 阅读 · 0 评论 -
在服务器(CentOS系统)上安装chimera
UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序,用于分子结构和相关数据的交互式可视化和 分析。主要包括:密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果,轨迹和构象ensemble。也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。原创 2022-09-22 18:33:45 · 802 阅读 · 0 评论 -
TensorFlow
下载Anaconda的地址:官网http://www.continuum.io/downloads/也可以在https://repo.continuum.io/archive/ 选择相应的版本下载。2)激活tensorflow环境,然后使用其中的 pip 安装 TensorFlow。4、安装完成之后配置环境变量,然后安装Anaconda Python3.5环境。3、安装提示,直接回车下一步,选择License文档,按q键,最后yes确认。归根结底问题:由于Linux内核不支持,版本太低!原创 2022-08-23 08:30:14 · 1707 阅读 · 0 评论 -
图神经网络:GAT学习、理解、入坑
图神经网络-GAT网络了解原创 2022-07-18 22:13:25 · 4125 阅读 · 0 评论 -
Python代码-Python方法查询
1.关于__call__, __init__,forward详细参考:https://blog.csdn.net/hufei_neo/article/details/100153336参考:https://www.cnblogs.com/Guang-Jun/p/14496689.html参考:https://blog.csdn.net/weixin_41912543/article/details/108147378#:~:text=forward%E6%98%AF%E5%9C%A8__call__%原创 2022-05-19 11:54:56 · 2007 阅读 · 0 评论 -
在PyTorch中,forward()是如何被调用的?了解 __call__, __init__,forward,super()
文章目录`forward()`是怎么被调用的一、问题描述小Tip-段首缩进实现方法1.正常的`Python类`的执行顺序2.在神经网络中的应用参考一段代码:总结:接下来我们看几个例子,了解一下__call__, __init__,forward总结:参考链接forward()是怎么被调用的一、问题描述 看了一个源码,从最开始看到最后就看到了每个函数里面都有一个def forward()方法。但是,没有看到调用的地方,甚至是参数,和方法的参数都不一样了。 那代码怎么看呐?从网上看了好多的方法,总是原创 2022-05-17 21:50:52 · 1806 阅读 · 4 评论 -
RuntimeError: Providing a bool or integral fill value without setting the optional `dtype` or `out`
一、问题描述报错提示:RuntimeError: Providing a bool or integral fill value without setting the optional `dtype` or `out` arguments is currently unsupported. In PyTorch 1.7, when `dtype` and `out` are not set a bool fill value will return a tensor of torch.bool dty原创 2022-04-23 11:32:30 · 2325 阅读 · 4 评论 -
ModuleNotFoundError: No module named ‘tensorboard‘
ModuleNotFoundError: No module named 'tensorboard'一、报错情况描述Traceback (most recent call last): File "main.py", line 5, in <module> from train import run File "**运行脚本路径**/spherenet_code/train.py", line 9, in <module> from torch.utils原创 2022-04-19 11:31:48 · 31575 阅读 · 5 评论 -
查看nvidia显卡GPU信息
一、介绍GPU的名称,温度,显存利用情况和GPU利用率,还有正在工作的GPU进程,如果我们知道这些信息,就足够我们对GPU的状态进行监控。主要是针对windows系统和linux系统的情况二、方法linux系统可以直接使用命令nvidia-smi,在任意界面都是可以的。windows系统方法/步骤:按 Win + R 组合键,打开运行,并输入:cmd 命令,确定或回车,可以快速打开命令提示符;管理员命令提示符窗口中,输入并回车执行以下命令:cd C:\Program File原创 2022-04-18 20:27:05 · 4076 阅读 · 0 评论 -
torch-geometric安装教程及常见源下载报错问题
安装torch-geometric一、介绍需要提前安装:torch-scatter、torch-sparse、torch-cluster、torch-spline-conv安装的时候会遇到很多的问题,版本号以及安装包源的问题安装框架模型,大约装了几个之后,每次给的教程都是会报错,就像是中了魔咒一样。其实最开始就感觉,安装东西还是要根据官方网站来解决这些问题。所以我们就参考当时的官方网站的安装教程。官方安装教程二、教程我们在官方教程里面主要是看Installation via Pip W原创 2022-04-17 21:53:49 · 3837 阅读 · 2 评论 -
感受野的理解与调研
问题来源讲论文的时候,突然被别人问到感受野是个什么东东?就百度查了一下:重要知识链接总结画深度学习的模型图方法:一、感受野的概念感受野(Receptive Field)的定义:卷积神经网络每一层输出的特征图(feature map)上的像素点映射回输入图像上的区域大小。通俗点的解释是,特征图上一点,相对于原图的大小,也是卷积神经网络特征所能看到输入图像的区域。二、举例说明(1)若输入图像的尺寸大小是55,经过两次33的卷积核(其中stride=1,padding=0)后,其感受野大小为5原创 2022-04-06 17:30:19 · 3181 阅读 · 0 评论