qq_26309777-CSDN博客

原创 R语言 Fisher Discrimination 函数

R语言 Fisher Discrimination 函数前段时间急着用Fisher Discrimination，但是R语言里面各种包都不给力（该返回的结果不返回，尤其是Actually Error Rate这种判别分析中直观评价分类器好坏最核心的东西），绕来绕去，自己按照书上的原理亲自编写了一个。Example和代码见下文： # Example:# x1 and x2 for t...

2018-08-11 19:03:20 1126

原创去掉linux文件名字中的windows换行符^M

下载并安装wget https://managedway.dl.sourceforge.net/project/detox/detox/1.2.0/detox-1.2.0.tar.bz2tar -jxvf detox-1.2.0.tar.bz2cd detox-1.2.0./ configuremakemake install随后切换到你想修改名字的目录，执行命令detox -r -v /path/to/your/destination/files...

2020-10-09 08:39:37 498

原创我们是什么时候开始，不再一有空闲就玩游戏了呢？

多年后再次光临qq，上个日志已是2016年年底。那时陪伴我们身边的人茶余饭后所谈论的事情大多都跟学习无关：诺手或德玛西亚，直布罗陀与多拉多，Asite 或者 Bsite。四年来，虽然武汉每个夏天都酷热灼人，每个冬天都湿冷难熬，但不妨碍我们大家幸福地生活着。学习嬉戏之余，我还经常带头下馆子，四年下来应该不只200次了。大一时候，我吃的不好，只要用功一久就会有严重的偏头疼，好在这个问题随着下馆子次数的增加而逐渐消失了。大二开始参加各种各样的比赛，虽然拿奖不少，但是大奖就那么寥寥几个，比起真正优秀的同...

2020-07-23 23:00:37 418

原创常用的希腊字母及其发音

做推理时常用的数学符号，每日一遍，告别符号盲。1 Α α alpha a:lf 阿尔法2 Β β beta bet 贝塔3 Γ γ gamma ga:m 伽马4 Δ δ delta delt 德尔塔5 Ε ε epsilon epsilon 伊普西龙 6 Ζ ζ zeta zat 截塔 7 Η η eta eit 艾塔 8 Θ θ thet θit 西塔 9 Ι ι iot aiot 约塔 10 Κ κ kappa kap 卡帕 11 ∧ λ lambda lambd 兰布达 12 Μ μ mu

2020-07-05 09:16:20 413

翻译 PYTHON 语言笔记

PYTHON 语言笔记(python3.8.3版)Noted by: 张达瀚Python 下载https://www.python.org/downloads/我的第一个python>>> print("this is my world")this is my world定义各种类型的变量并将它们输出：代码 print("hello,world"); a=45678 b=0x12fd2...

2020-07-02 10:47:42 330

原创如何手动做GO分析（包含p值，p.adj的计算）

引言不论你是主攻基因的上下游关系，还是想鉴定在外界刺激下生物体的响应基因，亦或是仅仅想凑一个文章毕业，只要是涉及到活细胞，大都会涉及到RNA-seq。 RNA-seq的测序技术本身已经很成熟，同样一批处理过的样品，在不发生意外事故的前提下，不论送哪个公司，测序结果都大同小异。在这个前提成立的基础上，文章的层次主要由分析手法的高低决定。在一些高手手中，除了一些生物公司就会给做的QC之外，还要进行GO 分析，KEGG分析，PPI网络和代谢网络分析，因果推理，还会结合实验设...

2020-06-17 23:46:07 18353 3

原创生物信息tech-Gene Ontology中如何根据GO号查找对应的生物学描述

大家在解析blast2go或者其他GO注释工具返回的结果时，发现有时只有对生物过程的描述或GO号，那么如何查看两者的对应关系呢，我们可以登录GO网站go.obo（下载地址：http://purl.obolibrary.org/obo/go.obo）文件。里面有最全面的goterm和description对应关系的信息。为了方面查看我把爬出来的部分信息列于table1。完...

2020-04-15 09:37:10 10791 2

原创 Linux下运行MATLAB时，日志文件出现过多warning问题

最近在巨型机上提交了一些涉及到超大mat文件的储存和运算，发现在log文件里经常会出现：warning: "Error reading character from command line"，而且一次出现好多行，把log文件撑到几个G。以下为解决方案：1、手动在.m文件前添加warning('off') warning('off') ... main par...

2020-03-16 19:05:38 544 1

原创利用Annotationhub时候，下载老中断怎么办？

我们在使用annotationhub对RNAseq差异表达基因进行注释的时候，往往遇到了如下的问题：> query(ah, "Oryza sativa") ##查找目标物种AnnotationHub with 4 records# snapshotDate(): 2019-10-29# $dataprovider: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/...

2020-03-03 18:48:07 3060 3

原创隐马尔可夫模型理论和实践应用

前言隐马尔可夫模型并非马尔可夫本人发明的，而是美国数学家鲍姆等人在20世纪60、70年代提出并命名的。但想了解隐性马尔可夫模型还是要从马尔可夫链说起。首先，对于任何一个时间t，对应的状态st都是随机的。我们可以假设s1,s2,s3,s4 ... ...st, ... ...是北京每一天的最高温度，或者上海站每天运送的旅客数量。马尔可夫为了简化模型，假设随机过程中各个状态st的状态分布，仅仅与上...

2018-10-04 16:07:30 469

原创生物信息常用数据类型及其内容 | Integrative Genomics Viewer

前段时间在逛网站意外发现一个详细解释生物信息学中各种文件类型的站点，觉得对初学者很有帮助，特地分享一下：Recommended File FormatsBAMBEDBedGraphbigBedbigWigBirdsuite FilesbroadPeakCBSChemical Reactivity Probing Profileschrom.sizesCNCustom File FormatsCyt...

2018-06-10 08:17:20 3077

原创从零开始学习主成分分析

前言前段时间一个偶然的机会，在一个虫友的问题下留了自己的微信号，从那开始私信我的人络绎不绝，我翻看了网上许多大咖的博文，大家都各有侧重，有的偏向基础概念和实例应用，如：【机器学习】主成分分析详解（https://blog.csdn.net/lyl771857509/article/details/79435402）；有的偏向于软件的操作（http://www.360doc.com/content/...

2018-06-07 17:38:16 1517