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RSS订阅原创 哈医大团队利用网络药理学+PPI分析+分子对接三联策略，解码灵芝孢子调控AKI凋亡的精准机制
哈尔滨医科大学团队在《Journal of Ethnopharmacology》（中科院医学2区，IF=4.8）发表研究，通过网络药理学联合实验验证揭示灵芝孢子（GLS）治疗急性肾损伤（AKI）的分子机制。研究鉴定GLS中的30种三萜皂苷类活性成分，网络分析发现其通过干预p53/Caspase3信号通路发挥肾保护作用。动物实验证实GLS显著改善AKI大鼠肾功能指标（肌酐降低34.2%），并首次应用SERS技术观察到GLS对肾脏凋亡相关分子特征峰的调节作用。该研究为中药现代化研究提供了多技术整合的创新范式。
2025-06-12 20:58:39
原创 如何利用网络药理学+转录组学简单发高分？——JCR医学1区4.8分期刊揭示补肾活血方改善早发性卵巢功能不全的多组学机制图片在当今生命科学研究领域，多组学整合分析与传统中医药研究的交叉融合已成为揭
本研究通过整合网络药理学与转录组学方法，揭示了补肾活血方（BHR）治疗早发性卵巢功能不全（POI）的多组学机制。研究发现BHR通过激活PI3K/Akt信号通路，显著抑制卵巢颗粒细胞的铁死亡（调控Hmox1/GPX4轴）和凋亡，改善环磷酰胺诱导的POI小鼠卵巢功能。生物信息学分析结合实验验证表明，BHR能上调抗凋亡蛋白Bcl2及铁死亡抑制因子GPX4，同时降低氧化应激水平。该研究为中医药治疗POI提供了分子机制支持，并发表于JCR医学1区期刊（IF=4.8），展示了多组学联用策略在中医药研究中的价值。
2025-06-11 18:36:30
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原创 中科院1区|IF6.7：基于PCA/OPLS-DA和KEGG通路分析的多组学整合，揭示沙棘-水飞蓟复方改善高脂血症的分子基础
本研究通过整合代谢组学、脂质组学和转录组学分析，系统阐明了沙棘-水飞蓟复方固体饮料改善高脂血症的分子机制。研究发现该复方富含黄酮类化合物（≥1240mg/g），中剂量（0.15g/kg/d）即能显著降低血清TC、TG、LDL-C水平，同时上调PPARα/CPT1α介导的脂肪酸β-氧化通路，抑制SCD等脂质合成基因。多组学分析揭示了其通过调节甘油磷脂代谢、胆固醇合成等通路发挥协同降脂作用，为天然功能食品开发提供了新依据。
2025-06-11 18:33:14
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原创 中科院1区Top|IF14+：巧用模糊学习率、权重更新与拆分组合，解锁生物信息分析新高度
当今科研领域跨学科研究热潮涌动，人工智能与医学、量子计算与药物研发、基因编辑等学科交叉催生创新成果。同时，全球气候变化下，高效太阳能、风能及碳捕获等绿色技术成科研热点。在此背景下，科研人员探寻创新路径，下文将介绍一篇利用生信等方法发表的优质论文，其思路与方法颇具借鉴意义。
2025-06-10 02:00:29
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原创 Nature子刊：16S宏基因组+代谢组学联动，借助MicrobiomeGS2建模揭示IBD代谢治疗新靶点
炎症性肠病（IBD）是免疫反应失调的慢性疾病，宿主 - 微生物互作紊乱在其病理生理中作用已知，但代谢机制未明。我们分析纵向 IBD 队列用药前后的微生物组、转录组和代谢组特征，构建肠道微生物组和宿主肠道代谢模型，研究炎症下代谢交互。发现跨数据层代谢活动变化涉及 NAD、氨基酸、一碳和磷脂代谢，宿主色氨酸分解增强、转氨基反应减少及一碳循环受抑，微生物组代谢偏移加剧宿主失衡。利用代谢模型预测饮食干预策略，为 IBD 提供新治疗思路。
2025-06-07 23:00:15
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原创 中科院1区顶刊|IF14+：多组学MR联合单细胞时空分析，锁定心血管代谢疾病的免疫治疗新靶点
免疫在 2 型糖尿病（T2D）和冠状动脉疾病（CAD）等心血管代谢疾病药物开发中具潜力。本研究通过全转录组孟德尔随机化（MR），评估 CD4+ T 细胞激活时 11,021 个基因表达谱对 T2D 和 CAD 的因果效应。发现 162 个 T2D 相关基因、80 个 CAD 相关基因，分别有 12% 和 16% 具 CD4+ T 细胞特异性，且 69 个基因 - T2D 对和 34 个基因 - CAD 对存在 T 细胞激活的时间因果模式。还鉴定出 25 个临床研究中的药物靶点（如 LIPA、GCK），为免疫
2025-06-06 19:04:28
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原创 中科院1区|IF12.9：多队列Cox模型+饮食指数构建，解码EAT-Lancet饮食对MASLD的保护机制
EAT-柳叶刀委员会设计的全球可持续饮食模式可促进人类健康与可持续性，但其对 MASLD 的作用尚未评估。本研究探究该饮食与 MASLD 风险及严重程度的关联。本研究纳入中、英三国多队列超 19 万成人及 228 例活检确诊 MASLD 患者，构建饮食指数。随访发现，饮食指数最高三分位者较最低者患 MASLD 风险降低，TCLSIH、GNHS 和 UK Biobank 队列的 HR 分别为 0.87、0.79 和 0.73，且经活检证实的 MASLD 患者肝脏受控衰减参数随饮食指数增加而降低。
2025-06-05 21:50:21
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原创 Cancer Research（IF=12.5）：全外显子测序揭示黑人高等级浆液性卵巢癌独特体细胞特征
黑人 HGSC 患者生存率较白人更差，且在卵巢癌研究中代表性不足。当前对 HGSC 分子及基因组异质性的认知主要基于白人肿瘤评估。本研究对 211 名黑人患者的 HGSC 样本进行全外显子测序，鉴定显著突变基因、表征突变特征并按基因表达亚型评估分布，与 TCGA 历史数据比较。虽存在福尔马林固定与新鲜冷冻组织等技术差异，但主要 HGSC 基因突变分布及变异分类在研究人群中几近相同，且从头分析鉴定出 TCGA 未报道的 KRAS 等基因。
2025-06-04 19:08:53
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原创 Nature Communications｜12.5万例基因组数据验证：PyTorch深度学习在PGS中的生信方法边界
多基因分数可评估个体疾病或性状遗传倾向，有望成为基因组医疗的一部分。基于神经网络的深度学习因能建模复杂非线性现象，或可通过利用基因 - 基因及基因 - 环境互作提升多基因分数。为此，我们将神经网络模型应用于英国生物银行的模拟和 28 种真实性状，并提出利用神经网络控制连锁不平衡混杂效应的框架以推断表型非线性程度。结果发现，虽存在少量非线性效应，但在仅遗传和遗传 + 环境输入下，神经网络表现均不如线性回归模型，表明当前其实用性受限且受连锁不平衡联合标记效应混淆。
2025-06-03 19:37:03
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原创 中科院1区Top|IF9.7：纯生信分析发现现有指南漏诊超60%胃癌高危人群！揭示ATM/BRCA2新角色
在各类癌症中，胃癌作为全球范围内癌症相关死亡的重要原因之一，其复杂的遗传背景与显著的地域、组织学异质性，为科研工作带来了极大挑战，也蕴藏着无限机遇。在此背景下，一项针对胃癌多器官癌症易感基因的最新研究成果脱颖而出，为我们深入理解胃癌的遗传基础提供了全新视角与有力证据 。
2025-06-02 21:30:07
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原创 10万+国家EHR数据+9变量模型！XGBoost 精准预测后新冠肾脏疾病（eBioMedicine 1 区，IF 9.7）
该研究利用美国TriNetX数据库10万余例患者数据，开发了预测新冠后肾脏疾病风险的机器学习模型。研究创新性地结合变量重要性评分、相关性分析和专家共识，将预测变量从69项精简至9项核心指标（如eGFR、住院次数和新冠感染史），构建的XGBoost模型在预测1个月/1年AKI和CKD风险时表现出优异性能（AUROC 0.799-0.894）。研究还开发了临床可用的网页预测工具AIBIAPP，实现了科研成果向临床应用的转化，为后疫情时代肾脏疾病的早期预警提供了新方法。
2025-06-01 22:04:16
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原创 Cancer Cell顶刊启示：多平台空间组学+创新算法，如何零湿实验发40+高分研究论文？
《Cancer Cell》研究揭示肿瘤微环境新发现：单细胞空间多组学技术鉴定出四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAF）空间亚型。这项跨癌种研究整合7种空间组学平台数据，通过创新的"空间邻域分型"方法，发现这些CAF亚型具有独特的细胞互作模式和临床预后价值。其中s4-CAFs通过CCL19/21-CCR7轴招募免疫细胞，与良好预后相关，为免疫治疗提供了新靶点。研究突破了传统分子分型的局限，为肿瘤微环境研究和精准治疗开辟了新思路。
2025-06-01 21:32:18
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原创 纯生信分析揭示TERT共突变机制，破解MAP2K1突变黑素瘤临床诊断困境
论文标题：MAP2K1突变型原发性皮肤黑素细胞肿瘤的临床结局与基因组特征发表期刊：，中科院医学大类分区1区，IF=9.7004发表日期：2025年4月1日在线发表。
2025-05-30 20:24:08
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原创 全基因组测序+多组学整合分析鉴定阿尔茨海默病新型遗传位点，构建风险累积模型
全基因组关联研究对阿尔茨海默病（AD）的探索多聚焦于欧洲人群常见变异。本研究对韩国AD队列1559人进行WGS，鉴定与AD相关的遗传变异和生物标志物。GWAS分析发现新的常见变异位点。通过WGS拓展分析少被研究的AD风险遗传因素，发现兴奋性神经元特异性顺式调控元件中的罕见非编码变异与认知障碍相关。结构变异分析显示短串联重复序列扩增增加AD风险，HPSE2基因座拷贝数变异具临界统计学意义。APOE ε4携带者若同时有高多基因负荷或结构变异，其认知障碍更严重且淀粉样β蛋白更高，提示AD风险的累积效应模型。
2025-05-29 20:39:39
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原创 纯生信+公共数据，轻松发表Cancer Cell！这篇文章是怎么做到的？
在癌症遗传 / 基因组研究中，西班牙裔 / 拉丁裔等祖先多样化和混合人群代表性不足。本研究利用 LC3 及其他数据集，对 718 例结直肠癌患者肿瘤 / 正常样本全外显子测序数据进行分析，通过 ADMIXTURE 估计遗传祖先比例，用逻辑回归分析其与体细胞突变特征的关联。发现 APC、TP53 和 KRAS 为突变频率最高的三个基因，拉丁裔患者肿瘤中 KRAS 和 PIK3CA 突变少于非拉丁裔。非洲遗传祖先与 SMAD2、KNCN 和 TMEM184B 突变相关，美洲原住民遗传祖先与较低 MSI-H 肿瘤
2025-05-28 23:16:38
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原创 Nature Communications！巧用公共数据库结合纯生信分析，轻松发表关于病原体研究的优质论文！
论文标题：引起白喉的人畜共患病原体溃疡棒杆菌的微进化和基因组流行病学研究发表期刊，中科院大类分区1区，IF=14.7007发表日期：2025年5月24日在线发表。
2025-05-27 23:48:59
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原创 Nature子刊（中科院1区Top）：孟德尔随机化(MR)还能做什么？最新研究让你大开眼界！
论文标题：饮食偏好对心血管代谢疾病的健康影响及其遗传结构发表期刊，中科院大类分区1区，IF=14.7007发表日期：2025年5月23日在线发表。
2025-05-26 19:25:10
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转载 河北医科大学法医学院科研团队凭借代谢组学、网络药理学及分子对接，在1区Top期刊绽放科研之光
论文标题：通过代谢组学和网络毒理学解析钩吻碱诱导的小鼠神经毒性发表期刊，中科院医学大类分区1区Top，IF=6.7000发表日期：2025年7月1日在线发表。
2025-05-24 23:43:24
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原创 非肿瘤研究新思路大放送！“衰老”遇上“WGCNA”与“机器学习”，搭配简易实验，2区SCI轻松解锁！
论文标题：衰老在溃疡性结肠炎发病机制中的作用：聚焦ETS1作为有前景的生物标志物发表期刊，中科院医学大类分区2区，IF=4.1998发表日期：2025年2月6日在线发表。
2025-02-28 20:47:22
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原创 从临床研究困境到轻松拿下中科院医学1区6分+SCI，TCGA数据库挖掘到底是如何做到的？
论文标题：多组学分析揭示调控氧化应激促进口腔鳞状细胞癌进展的细胞间通讯机制发表期刊，中科院医学大类分区1区，IF=6.7996发表日期：2024年12月21日在线发表。
2025-02-26 18:13:23
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原创 5分钟Get网药前沿“秘籍”：Meta分析驱动，网药+生信强强联合，分子对接与动力学模拟全程助力
论文标题：玉屏风治疗COPD的疗效及潜在药理机制研究：一项Meta分析和计算机模拟研究发表期刊，中科院医学大类分区2区Top，IF=4.8003发表日期：2025年2月4日在线发表。
2025-02-25 20:41:58
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原创 搞科研想预测蛋白质三维结构和分子间互作，RoseTTAFold2硬件咋配？咋安装？咋使用？
RoseTTAFold2是由华盛顿大学Baker实验室开发的AI驱动蛋白质结构预测工具。相较于RoseTTAFold，RoseTTAFold2进一步优化了多序列比对（MSA）处理、注意力机制以及物理约束，从而在准确性和计算效率上得到提升。单链蛋白质结构预测蛋白-蛋白相互作用预测蛋白-配体复合物建模多体复合物结构预测RoseTTAFold2是一个强大且高效的蛋白质结构预测工具，适用于多种生物研究场景。本文介绍了其安装方法、基本使用步骤，并通过案例展示了如何用于蛋白-蛋白和蛋白-配体进行建模。
2025-02-21 23:42:24
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空空如也
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