【科普】BraTs数据集中MRI医学影像基础

本文简介 

 本文旨在对BraTs 数据集图像数据所用的基础信息，进行记录，希望对大家学习也有帮助。

MRI简介

MRI是核共振成像(MR Image),原理是施加一个磁场,让原子核和磁场的节拍动起来(共振),当磁场停下来的时候,原子核恢复常态,这个恢复的过程会以电磁波的形式释放能量,探头检测出这个能量,并用于成像。一般保存格式为nii (Neuroimaging Informatics Technology Initiative,神经影像信息技术倡议)格式。标准NIFTI图像的扩展名是.nii，也包含了头文件及图像资料，NIFTI格式也可使用独立的图像文件（.img）和头文件（.hdr）。
nii图像为三维图像，进行切片后分别表示
矢量面Median sagittal section (人体从前向后切开)
冠状面coronal section (人体沿左向右切开)
水平面Transverse section

序列

在医学界把像 t1、t2、t1ce、flair这样的东东称为序列,一个病例的可以有多个序列,每个序列由许多切片组成, 此外,获得每种序列的方式不同,例如t1、t2是由于测量电磁波的物理量不同而产生的两种不同的序列,再例如t1ce序列要在做MR之前往血液打造影剂。

Flair

FLAIR序列是核磁共振(MR)的一种常用的序列，全称是液体衰减反转回复序列，也称为水抑制成像技术. 通俗地说,它是压水像。在该序列上，脑脊液呈现低信号(暗一些)，实质性病灶和含有结合水的病灶显示为明显的高信号(亮一些)。如下图，左侧为MRI图像，右侧为掩码图。

T1和T2

 T1、T2是用于测量电磁波的物理量,它们可以作为成像的数据.根据T1来成像的,就叫“T1加权成像(T1-weighted-imaging)”,临床工作中也经常简称“T1”,T2同理. 

T1看结构

T1图像的整体感官跟“临床图像”的“习惯配色风格”非常接近,你看白质是白的,灰质是灰的,脑脊液是黑的.所以T1图像就可以看出各种断层解剖图.于是“T1看解剖结构”的说法就这么来了.

​T2看病变

T2信号跟水含量有关(而Flair是结合水)很多病灶的T2信号要强于周围的正常组织.而很多病变都伴随组织水肿.从下图中可以看到,非常白的是水肿,然后比较白的那块影影约约的就是病变的地方了.水肿应该是占位效应,就是肿瘤压迫到周围组织了,导致周围的组织细胞水肿.

T1ce

t1ce序列要在做MR之前往血液打造影剂(颜料),亮的地方血供丰富,强化明显说明血流很丰富,什么地方需要血流很快，因为它们不断分裂需要大量的营养。下图所示, 高亮区域是增强瘤(enhancing tumor),它环绕的里面深色那些是坏疽(ju)(necrotic components),高亮区域为水肿侵袭区域。

坏疽就是细胞坏死然后液化.所以这些坏疽还被被称为非增强瘤(non-enhancing tumor).

 

区域间包含的定义

参考文章https://arxiv.org/pdf/2107.02314v2

数据集规定, 图中右侧子图

绿色为浮肿区域(ED,peritumoral edema) (标签2)、蓝色为增强肿瘤区域(ET,enhancing tumor)(标签4)、红色为坏疽(NET,non-enhancing tumor)(标签1)、背景(标签0)

上图左侧，这些标签合并为3个嵌套的子区域: whole tumor (WT), tumor core (TC) and enhancing tumor (ET)

The whole tumor (WT) class includes all visible labels (a union of green, yellow and red labels), the tumor core (TC) class is a union of red and yellow, and the enhancing tumor core (ET) class is shown in yellow (a hyperactive tumor part).

1. WT = ED + ET + NET
2. TC = ET+NET
3. ET

参考链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/115971002/