批量运行mcsqs任务和转换mcsqs输出文件的Shell脚本

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_29825531/article/details/133272871

文章描述了如何使用Shell脚本批量执行mcsqs任务，包括在一级和二级目录下的任务提交，以及任务完成后将bestsqs.out文件转换为cif格式的过程，特别提到了FCC结构和ATAT软件包的使用注意事项。

摘要由CSDN通过智能技术生成

批量运行mcsqs任务的Shell脚本：

提交一级目录里的任务：

#!/bin/sh
for dir in `ls`
do
    if [ -d $dir ]
    then
        cd $dir
        corrdump -l=rndstr.in -ro -noe -nop -clus -2=1.1
        qsub atat.pbs
        cd ..
    fi  
done

提交二级目录里的任务：

#!/bin/sh
for dir in `ls`
    do
        if [ -d $dir ]
        then
            cd $dir
            for dir1 in `ls`
                do    
                    if [ -d $dir1 ]
                    then
                        cd $dir1
                        corrdump -l=rndstr.in -ro -noe -nop -clus -2=1.1
                        cd ..
                    fi
                done
            cd ..
        fi
    done

请注意，-2=之后的截断半径根据需要调整！在本示例中，-2=之后的数字是面心立方（FCC）结构的数据，若是其他类型的结构，则需要进行更改。此数字越大，任务运行的时间会增加，获得的结构会越精确，详情请阅读ATAT软件包的说明书。

在mcsqs任务运行结束之后，会获得bestsqs.out文件，此文件中含有无序体系的结构信息。

将mcsqs任务结束后的bestsqs.out内容批量转为cif文件：

转换一级目录里的文件：

#!/bin/sh
for dir in `ls`
do
    if [ -d $dir ]
    then
        cd $dir
        str2cif <bestsqs.out>  best.cif
        cd ..
    fi  
done

转换二级目录里的文件：

#!/bin/sh
for dir in `ls`
    do
        if [ -d $dir ]
        then
            cd $dir
            for dir1 in `ls`
                do    
                    if [ -d $dir1 ]
                    then
                        cd $dir1
                        str2cif <bestsqs.out>  best.cif
                        cd ..
                    fi
                done
            cd ..
        fi
    done