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生物信息
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生物信息学国外期刊一览
Biochemistry 3.379Bioinformatics 4.328BMC Bioinformatics 3.78BMC Genomics 3.93BMC Molecular Biology 2.81BMC Systems Biology 3.71Briefings in Bioinformatics 4.627Briefings in Functional Genomics...原创 2020-01-15 17:30:08 · 3892 阅读 · 0 评论 -
晶体结构解析
iMosflm传送门:https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/harry/imosflm/ver722/introduction.html【介绍】MOSFLM可以处理来自各种探测器的衍射图像,并产生具有强度和标准偏差(以及其他参数)的反射指数的MTZ文件作为输出。 该MTZ文件被传递到CCP4程序套件的其他程序(POINTLESS,SORTMTZ,SCALA,CTRUNC...原创 2019-09-19 12:36:10 · 2572 阅读 · 0 评论 -
生物分析常用工具及网站
生物分析常用工具及网站ResourcePurposeURLBatmanMeDIP DNA methylation analysis toolhttp://td-blade.gurdon.cam.ac.uk/software/batmanBDPCDNA methylation analysis platformhttp://biochem.jacobs-univ...原创 2019-01-02 17:08:33 · 2760 阅读 · 0 评论 -
甲基化芯片Beta值意义详解,以及minfi包使用
illumina甲基化芯片计算illumina的软件(Illumina GenomeStudio软件)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。 使用Illumina的Bead Studio软件和甲基化模块v3.2计算每个CpG靶标的β值。 β值=来自甲基化珠粒类型的强度值/(来自甲基化的强度值+来自未甲基化珠粒类型的强度值+ 100)。 然...原创 2018-07-05 16:58:28 · 16996 阅读 · 3 评论 -
怎么根据TCGA官方的API下载数据?简单几句命令轻轻松松下载想要的TCGA大数据
下载文件GDC API使用data和manifest端点实现文件下载功能(说白了,就是想下载哪个文件直接根据该文件连接地址,请求下载就好了,那了每个文件连接地址是什么呢?请具体看下面教程)。 数据端点允许用户通过指定文件UUID来下载存储在GDC中的文件。 清单端点生成下载清单文件,该文件可与GDC数据传输工具一起使用以传输大量数据。注意:下载受控访问数据需要使用身份验证令牌。 有关详细信...原创 2018-07-04 15:33:46 · 5009 阅读 · 0 评论 -
TCGA样本命名详解
在TCGA中,一个患者可能会对应多个样本,如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据:TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素(以”-“分割),例如TCGA-A6-6650-01。所以...原创 2018-06-29 09:17:40 · 52944 阅读 · 5 评论 -
Python脚本下载TCGA大数据,非常简单,开放源代码
前言使用TCGA官方的gdc-client下载工具有时候很慢,经常会挂掉,那干脆自己写一个下载小程序。于是使用TCGA的API写了个下载TCGA数据的脚本,脚本也是需要下载manifest文件的。环境后期将改进,把程序打包成EXE,让没有python的同学也能用环境:Python3.6 函数包:ospandas requestssysargparsesigna...原创 2018-07-10 21:54:31 · 9123 阅读 · 21 评论 -
TCGA数据下载教程:使用官方gdc-client软件下载
前言本教程涉及内容: 1. TCGA网页数据下载,检索方式 2. gdc-client软件安装和配置 3. 使用gdc-client下载TCGA数据本教程使用原生态的TCGA官方数据下载方式,比使用第三方的工具具有数据更新快,真实的特点,当然如果觉得麻烦可以使用第三方的一些工具,单对于想要真正了解TCGA数据库的人,还是使用原生态的TCGA方式。TCGA改版后,下载方式变得大为不...原创 2018-07-02 13:18:20 · 56998 阅读 · 101 评论 -
The cancer genome atlas(TCGA)
The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据,作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下,也加深自己的印象。TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据,包括突变,拷贝数变异,mRNA表达,miRNA表达,甲基化数据等这些数据可分为三个级别:level-1: 原始的测序数据(fasta,fastq等) level-2:比对好的b...原创 2018-06-29 10:39:52 · 9316 阅读 · 2 评论 -
GENIA Tagger软件包
GENIA Taggerpart-of-speech tagging, shallow parsing, and named entity recognition for biomedical text -What’s New20 Oct. 2006 A demo page is available.6 Oct. 2006 Version 3.0: The...原创 2018-05-23 13:47:46 · 863 阅读 · 1 评论 -
Mate Pair and Paired-End Sequencing – Illumina Today I will post my recurring question about the
Mate Pair and Paired-End Sequencing – IlluminaToday I will post my recurring question about thedifferences on MatePair andPaired-End Sequencing technologies used in Next-Gensequences.Unfortunately bec...翻译 2017-09-18 18:44:09 · 1392 阅读 · 0 评论