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RSS订阅原创 jupyter notebook增加内核
我是在pyhton2环境下装的jupyter notebook 在root用户下使用 jupyter kernelspec list 在普通用户下使用jupyter kernelspec list查看内核 发现是不同的。。可能装了两个jupyter notebook。这时候添加内核就得到普通用户下使用sudo python3 -m ipykernel install --user就把python...
2019-03-18 11:44:03
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原创 salmon quasi-mapping 原理解析
quasi-mapping是基于k-mers+Suffix Array。 salmon原文链接 什么是Suffix Array请点这里 quasi-mapping是由RapMap这篇文章提出来的 第一步：建立索引 如果有多个transcript，那将多个transcripts连起来用$分割。使用rank9b algorithm and data structure of Vigna 使得任意位置...
2019-03-15 17:04:56
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原创 kallisto Pseudoalignments原理解析
原文链接 参考博客链接 kallisto Pseudoalignments是基于k-mers + T-DBG（transcriptome de Bruijn graph） 关于什么是de Bruijn graph 请点这里 如上图有三条overlapping的 transcripts，红、蓝、绿各代表一条。 第一步：建立索引 k-mers默认是31，k-mers越小会越敏感。图上的每一个node都...
2019-03-14 16:52:08
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空空如也
空空如也
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