在centos7下安装NetPyNE-UI

NetPyNE是一个python包，用于使用NEURON模拟器促进生物神经网络的开发，并行仿真和分析。
下面是在centOS7下安装NetPyNE-UI的步骤：
一、 安装python3
1、安装python依赖

yum -y install openssl-devel bzip2-devel expat-devel gdbm-devel readline-devel sqlite-devel tkinter tk-devel zlib-devel libffi-devel

2、到python官网下载安装包

wget https://www.python.org/ftp/python/3.7.3/Python-3.7.3.tgz
tar -zxvf Python-3.7.3.tgz
cd Python-3.7.3/

3、创建python安装路径

mkdir /usr/local/python3
./configure --prefix=/usr/local/python3
make
make install

4、创建软链接

ln -s /usr/local/python3/bin/python3 /usr/bin/python3
ln -s /usr/local/python3/bin/pip3 /usr/bin/pip3

二、 安装NEURON
切换到想安装的目录下

git clone --branch 7.6.2 https://github.com/neuronsimulator/nrn.git
cd nrn
./build.sh
./configure --without-x --with-nrnpython=python3 --with-paranrn --prefix="/path_where_you_installed_nrn/" --without-iv
make --silent -j4
make --silent install -j4 
export PATH=$PATH:/path_where_you_installed_nrn/x86_64/bin
cd src/nrnpython
python setup.py install

请注意，这将在没有Interviews（iv）的情况下安装NEURON，NetPyNE UI不需要。
它还安装了NEURON，支持并行仿真，这需要在系统OpenMPI中安装MPI 。
如果要删除并行支持，请使用以下内容替换上面的第4行：

./configure --without-x --with-nrnpython=python3 --without-paranrn --prefix="/path_where_you_installed_nrn/" --without-iv

三、 安装NetPyNE-UI：

pip install netpyne_ui
jupyter nbextension enable --py jupyter_geppetto
jupyter serverextension enable --py jupyter_geppetto
jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension

第一行将下载并安装NetPyNE-UI，而接下来的三行将启用它

四、 创建工作区文件夹导出模型文件

mkdir netpyne_workspace 
git clone https://github.com/Neurosim-lab/netpyne_workspace
cd netpyne_workspace
NetPyNE-UI

五、 运行该NetPyNE-UI命令
在浏览器中打开 http://localhost:8888/geppetto