Java命令行执行R脚本及R在Windows11和Linux中的安装与配置

R在Windows中的安装

（在Java中使用命令行的方式执行R包，摸索了半天终于成功了，记录一下方便以后查看）

详情见：https://www.runoob.com/r/r-setup.html

• 官方地址：https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/
• USTC 镜像：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/
• TUNA 镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/

Windows 安装很简单，下载安装包后，双节下载的安装包，开始安装向导：

**注意：**这里使用的操作系统是 64 位的，但现在仍有少数的计算机使用的是 32 位的操作系统，如果你的操作系统是 32 位的，请在此步骤选择"32-bit 用户安装"选项。

当我们在交互式的命令窗口输入以下代码：

print("Hello, world")

输出结果为：

"Hello, world"

R在Linux中的安装

1.通过如下命令安装并启用 EPEL （如果已经安装过，直接执行第二步）

yum install epel-release

2.使用如下命令安装R

yum install R

3.安装完成之后，直接在终端输入R然后回车之后出现类似如下内容则表示安装成功

[root@siger-node1 local]# R

Java通过命令行执行R文件（Windows）

1、在R的安装目录下打开DOS命令窗口

2、输入R进入R语言操作环境

3、执行以下命令安装两个包（此处是安装R程序中有使用到的包，若是有其他需要的包使用同样的方式安装即可，安装时使用的包源我个人选择的是China shanghai 1）：

install.packages("ggplot2")

install.packages("ggrepel")

4、安装完包之后以命令模式运行

Rscript C:\Users\Lenovo\Desktop\test_volcano_plot\volcano_plot.R -d C:\Users\Lenovo\Desktop\test_volcano_plot\test_data.txt -i C:\Users\Lenovo\Desktop\test_volcano_plot\gene_list.txt

**注意：**图二中打印的信息是执行的R程序包中打印的信息

5、Java中通过命令行的方式执行R文件

 public static void main(String[] args) throws IOException {
        long l1 = System.currentTimeMillis();
        Process pro = Runtime.getRuntime().exec("D:\\app_path\\R-4.1.2\\bin\\Rscript C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\volcano_plot.R -d" +
                " C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\test_data.txt -i C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\gene_list.txt");
        String line;
        BufferedReader buf = new BufferedReader(new InputStreamReader(pro.getInputStream()));
        while ((line = buf.readLine()) != null) {
            System.out.println(line);
        }
        long l2 = System.currentTimeMillis();
        System.out.println(l2 - l1);
    }

***注意：**解析

Process pro = Runtime.getRuntime().exec("D:\\app_path\\R-4.1.2\\bin\\Rscript C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\volcano_plot.R -d C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\test_data.txt -i C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\gene_list.txt");

这一段即是安装的R的位置

D:\\app_path\\R-4.1.2\\bin\\Rscript 

这些是需要执行的文件：

C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\volcano_plot.R -d C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\test_data.txt -i C:\\Users\\Lenovo\\Desktop\\test_volcano_plot\\gene_list.txt

Linux中执行

与Windows中大同小异，通过命令行执行时注意文件之间的“/”，执行时缺少包使用 install.packages(“xxx”)安装即可