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RSS订阅原创 argparse基本用法
import argparsedef main(): parser = argparse.ArgumentParser(description="Demo of argparse") parser.add_argument('-n','--name', default=' Li ') parser.add_argument('-y','--year', default='20') args = parser.parse_args() print(args)
2020-07-06 15:33:04
151
原创 s3cmd s3命令行工具
s3cmd s3命令行工具安装复制pip install s3cmd或yum install python-s3cmd推荐版本 2+，2.0.0 版本之前测试过有bug，附录部分有说明。配置通过命令行传递参数配置s3cmd --configure –access_key=<access_key> –secret_key=<secret_key> –r...
2020-04-16 13:45:02
926
原创 samtools 使用说明
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍1、
2020-02-04 16:53:58
3254
原创 人类基因组测序文件chromFa.tar （hg19），统计每条染色体的长度，GC含量，N比值，N、A、T、C、G各碱基数量。
import osimport timebegin = time.time()os.chdir(r'G:\tem\fa')def count_n_and_gc(file): content = [] chromsome = [] g = 0; c = 0; n = 0; a = 0; t = 0 with open(file) as f: r...
2019-08-16 15:30:52
4053
翻译 rosalind练习题
1、统计各碱基的数量, 计算整条序列长度seq = ''with open('./1.txt', "r") as f: for line in f: if line[0] != ">": #print(line) line = line.strip().upper() ...
2019-07-25 22:14:38
1416
翻译 生信宝典练习题
1、读入文件的方法，以转录本编码为名字，并去空格并且将碱基序列连成一串，输出。aDict = {}with open ('./1.txt','r') as f: for line in f: if line[0] == '>': key = line.split(' ')[0] aDict[key] = [] ...
2019-07-25 21:49:37
529
转载 itertools库总结
前言最近事情不是很多，想写一些技术文章分享给大家，同时也对自己一段时间来碎片化接受的知识进行一下梳理，所谓写清楚才能说清楚，说清楚才能想清楚，就是这个道理了。很多人都致力于把Python代码写得更Pythonic，一来更符合规范且容易阅读，二来一般Pythonic的代码在执行上也更有效率。今天就先给大家介绍一下Python的系统库itertools。itertools库迭代器（生成器）在P...
2019-05-26 11:34:14
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空空如也
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