Ubuntu中安装Biopython

转自：https://blog.csdn.net/daemon_2017/article/details/80660372 

Biopython 是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在Windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了。

          在Linux中安装有多种方法，以Ubuntu为例：

方法一：使用apt-get install方式安装

# sudo apt-get install python-biopython

只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。

方法二：使用easy_install安装

（1）安装python-dev，不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误

# sudo apt-get install python-dev

（2）安装easy_install工具

# sudo apt-get install python-setuptools

（3）安装biopython

# sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopytho // (DIST/和biopython之间有个空格)

（4） 安装Numpy

从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz

# tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz

# cd numpy-1.6.1/

# python setup.py build

# sudo python setup.py install

还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。

检测biopython是否安装成功

root@ubuntu:~# python
Python 2.7.12 (default, Jul  1 2016, 15:12:24) 
[GCC 5.4.0 20160609] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

root@ubuntu:~# python
Python 2.7.12 (default, Jul  1 2016, 15:12:24) 
[GCC 5.4.0 20160609] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>> print Bio.__version__
1.76
>>> 
[3]+  已停止               python

输入>>>import Bio     >>>print Bio.__version__    

显示biopython版本为1.76

安装成功！