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生物信息
lengedd
这个作者很懒,什么都没留下…
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Pymol安装Caver3报错
Plugin“Caver3”has been installed but initialization failed/Unable to initialize plugin ‘Caver3’ (pmg_tk.startup.Caver3).解决:PyMOL>import pmg_tk.startup.Caver3Traceback (most recent call last): File "D:\ProgramData\Anaconda3\Lib\site-packages\pmg_tk原创 2022-01-10 20:23:16 · 1670 阅读 · 0 评论 -
Rosetta score
Functionanalytotal_score总加权分数,分数越低,给定蛋白质的结构可能越稳定fa_atr表示不同残基中原子之间的 Lennard-Jones 吸引力潜力的加权分数。这种分解有助于确定哪些能量项比其他能量项贡献更多,即蛋白质中发生了什么样的相互作用。Rosetta 预测残基间范德华力具有最大的稳定作用 ( -423.638)fa_sol溶剂化作用,具有最高的不稳定作用 ( 241.309)fa_rep不同残基原子之间的Lennard-Jones...翻译 2022-01-05 14:52:34 · 407 阅读 · 0 评论 -
windows安装pymol
下载minianaconda输入命令conda install -c conda-forge pymol-open-source如果网络问题关闭防火墙或修改DNS8.8.8.88.8.4.4原创 2021-12-02 13:43:20 · 422 阅读 · 0 评论 -
生成PSSM矩阵
cdhit90_muscle_trim_round2-remove-gap.fa为cdhit之后的fasta,也可以直接使用下载的fasta序列,无需cdhit,生成cd90_trim_remove_gap一系列文件unbuntu@unbuntu-virtual-machine:~/1funclib/1gsk$ makeblastdb -in cdhit90_muscle_trim_round2-remove-gap.fa -dbtype prot -out cd90_trim_remove_gap生原创 2021-09-16 21:27:36 · 229 阅读 · 0 评论 -
使用Rosetta批量生成fasta
**方法一:(多个fasta汇总在一个文件中)**使用Rosetta将<-11的pose名字放入一个文件中,并对这个文件生成fasta首先创建一个文本文件metric_thresholds.txtreq total_score value < -1010req interface_delta_B value < -11output sortmin interface_delta_B接着筛选出interface_delta_B<-11的pose,生成filtered原创 2021-07-10 10:48:34 · 986 阅读 · 0 评论 -
error while loading shared libraries: libsqlite3.so: cannot open shared object file: No such file or
解决输入 sudo apt-get install libsqlite3-dev原创 2021-03-30 14:38:49 · 1724 阅读 · 1 评论 -
做模拟准备工作
中间缺少氨基酸的蛋白需要做模拟(图示化的模型链中断)1、先用pymol打开需要模拟的蛋白质(可fetch)2、进入RCSB PDB网站输入所需的蛋白质文件名,下载fasta序列,用note打开3、将下载下来的序列与pymol显示的序列做对比,删除pymol前段灰色字体的序列(缺失的序列),保留后面的序列4、进入trRosetta网站,将保留下来的序列粘贴到文本框提交等待结果...原创 2020-11-25 15:02:03 · 443 阅读 · 0 评论 -
Esemble对接准备工作
1、下载蛋白质文件打开pymol输入fetch 5cto(所需要的蛋白质文件名)file–>Export Mo… 保存为pdb文件2、以一个pdb为中心,合成一个模型(1)例如以5dhw蛋白质为中心,5cto–>A–>align–>to molecule–>5dhw(2)5YWG同上(3)5dhw–>A–>center(4)保存为session文件3、下载小分子文件进入Pubchem网站输入所需要的小分子名称进行下载4、定坐标:用note打开蛋白原创 2020-11-25 14:54:46 · 550 阅读 · 0 评论 -
pymol如何把蛋白质保存为pdb
file–>Export Molecule–>选择存储路径(双击要保存的pdb)原创 2020-11-24 16:49:40 · 9397 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu中安装Biopython
转自:https://blog.csdn.net/daemon_2017/article/details/80660372Biopython 是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包,它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效,在Windows中安装biopython非常简单,下载之后,双击然后一路点下一步就可以了。 在Linux中安装有多种方法,以Ubuntu为例:方法一:使用apt-get install方式安装 sudo...转载 2020-06-17 19:09:47 · 920 阅读 · 0 评论 -
OpenMPI error while loading shared libraries: libopen-rte.so.40
若openmpi路径添加到环境变量LD_LIBRARY_PATH中也依然报错#ldconfig //问题解决原创 2020-06-17 18:59:03 · 1332 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu配置Rosetta安装教程
转自:http://how2rosetta.cn/?article=ubuntu-desktop%e4%b8%8b%e9%85%8d%e7%bd%aerosetta%e5%ae%89%e8%a3%85%e6%95%99%e7%a8%8bRosetta下载Rosetta的发布有两种主要的形式: 稳定的正式版本(Numbered Release)和每周发行的版本(Weekly Release),由于每周发行版本会修复bug和新增最新功能,强烈建议下载此版本的源码。Go to:https://www.转载 2020-06-17 18:47:47 · 3924 阅读 · 0 评论