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原创 解压

.tgz解压:tar zxvf 文件名.tgz

2019-11-12 10:03:23 97

转载 os.path.join

os.path.join()函数:连接两个或更多的路径名组件 1.如果各组件名首字母不包含’/’,则函数会自动加上         2.如果有一个组件是一个绝对路径,则在它之前的所有组件均会被舍弃         3.如果最后一个组件为空,则生成的路径以一个’/’分隔符结尾Demo1import osPath1 = 'home...

2019-11-05 09:28:41 91

原创 sed取几行

sed -n '5,10p' filename

2019-10-30 22:47:24 811

原创 pandas常见操作

条件A,Bdata[(data[A])&(data[B])]取均值pd.mean()取分位数pd.percentile()连接pd.concat([a,b],axis=1)#列concat#连接之前可 A=a.reset_index(drop=True)查找pd.merge(a,b)#需要列名一致...

2019-10-28 23:53:51 135

原创 domain查找及去冗余

domain查找命令hmmscan --cut_ga --tblout 50Aresult1 Pfam-A.hmm 50S.fastablastblastp -query test3_1 -subject test3_2 -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

2019-10-24 17:53:45 228

原创 linux取差集

A,B两个文件,取 A-Bcat A B B|sort|uniq -u取A交B sort A B | uniq -d

2019-10-24 10:43:06 545

原创 用awk将换行的fasta转换为连续的序列

awk '!/^>/{a=a$0}/^>/{print a;a="";}END{print a;}' inv_protein.fasta > test_inv

2019-10-24 10:14:20 519

转载 pandas加载出错UnicodeDecodeError

加载文件指令:test=pd.read_csv(r'F:\book_list_1.csv',sep=',',names=['book_id','book_name','author'],skiprows=1)出现的错误:UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xb5 in position 0: invalid st...

2019-10-24 10:09:40 763

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