下载
首先进入官网下载Win10平台的Binaries
文件,需要根据自己的系统下载32位或64位Binaries
文件
配置与安装
然后解压,放置在你想要放置的目录,添加bin
以及lib
环境变量
然后输入
pip install openslide-python
安装完成后就可以使用了
SVS转PNG
我们以文件夹第一张图为例,由于这里我们的SVS
存储的格式为RGBA
四个通道,所以转成jpeg会报错(别问我怎么知道它存的RGBA
,因为我存JPG
报错了的φ(゜▽゜*)♪),报错如下:
---------------------------------------------------------------------------
KeyError Traceback (most recent call last)
e:\anaconda3\envs\paddle\lib\site-packages\PIL\JpegImagePlugin.py in _save(im, fp, filename)
613 try:
--> 614 rawmode = RAWMODE[im.mode]
615 except KeyError as e:
KeyError: 'RGBA'
The above exception was the direct cause of the following exception:
OSError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-12-38951423c55b> in <module>
----> 1 im.save("your_file.jpg")
e:\anaconda3\envs\paddle\lib\site-packages\PIL\Image.py in save(self, fp, format, **params)
2156
2157 try:
-> 2158 save_handler(self, fp, filename)
2159 finally:
2160 # do what we can to clean up
e:\anaconda3\envs\paddle\lib\site-packages\PIL\JpegImagePlugin.py in _save(im, fp, filename)
614 rawmode = RAWMODE[im.mode]
615 except KeyError as e:
--> 616 raise OSError("cannot write mode %s as JPEG" % im.mode) from e
617
618 info = im.encoderinfo
OSError: cannot write mode RGBA as JPEG
使用如下代码进行处理,我们可以使用matplotlib
库进行显示,利用PIL
库将图片存为PNG
或TIFF
格式都是可以滴
import openslide
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
test = openslide.open_slide('DATASET_A_DIB/SAS_21883_001.svs')
img = np.array(test.read_region((0, 0), 0, test.dimensions))
print(img.shape)
im = Image.fromarray(img)
im.save("your_file.png")
plt.imshow(img)
plt.show()
我建议最好存成TIFF
格式,因为TIFF
格式在医学图像更为通用,当然TIFF
格式比PNG
格式大得多,如下所示
PNG格式
TIFF格式
我们将两者图片放大,TIFF加载更快,但两种格式在这次的SVS数据集上并无差别
支持
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