ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式

ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式

1、共有AD_001-AD_015共15个.nii文件
分别查看每个文件的详细信息，以得到shape维度信息

import nibabel as nib
    
file = 'D:\\图像分割\\AD\\AD_015\\AD_015.nii'    #你的nii或者nii.gz文件路径
img = nib.load(file)    
print(img)

2、通过查看得到每个文件都为四维，只是大小不同
开始进行格式转换

import os
import numpy as np
import nibabel as nib
import imageio
import matplotlib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
from matplotlib import pylab as plt
def read_niifile(niifilepath):           #读取niifile文件
    img = nib.load(niifilepath)          #下载niifile文件（其实是提取文件）
    img_fdata = img.get_fdata()          #获取niifile数据
    return img_fdata
 
def save_fig(niifilepath,savepath):     #保存为图片
    fdata = read_niifile(niifilepath)   #调用上面的函数，获得数据
    (x,y,z,_) = fdata.shape             #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量，第四维）
    for k in range(z):
        silce = fdata[:,:,k,:]          #三个位置表示三个不同角度的切片
        imageio.imwrite(os.path.join(savepath,'{}.png'.format(k)),silce)
                                        #将切片信息保存为png格式
 
if __name__=='__main__':
    niifilepath='D:\\图像分割\\AD\\AD_015\\AD_015.nii'
    savepath='F:\\AD\\AD_015'
    if not os.path.exists(savepath):
        os.makedirs(savepath)
    save_fig(niifilepath,savepath)

3、结果如下：