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2020-09-29 16:45:16
230
原创 医学图像资源收藏
1、2018到2008，10年CVPR/NIPS/ECCV/ICML顶会精选论文+代码集合资源：https://github.com/zziz/pwc#2018 2、U-net （2015-2020）论文及代码 https://github.com/ShawnBIT/UNet-family 3、香港中文大学窦琪博士主页（深度学习方面医学图像分割论文）： http://www.cse.cuhk.edu.hk/~qdou/ 香港中文大学窦琪博士，深度学习在医学图像分割中的模型泛化性能研究（视频分享–经典）：
2020-09-29 16:30:00
548
原创 数据处理走过的坑
处理的三维数据，始终是黑色，LiTS数据131个训练集，30个测试集，如果我将它们转化为二维的切片，有一些数据没有标签，就只保存有标签的数据，但是nii数据转化为Bmp为什么全是黑色，，，以及数据维度这方面的问题，没有真正理解通透。如果我切完继续保存为Nii格式，怎么把它转化为其它方式加入训练中。 1、nii数据输入网络的形式 2、三维数据与二维数据的具体转化代码 3、像素值与分辨率以及尺寸的关系...
2019-10-31 22:58:22
286
原创 memoryerror!!!!
最近加载图像训练，笔记本控制台输出memoryerror! 我在想导致这个的原因真的是数据太大，GPU太小溢出吗？？ 1、数据过大，数据重复加载 2、电脑打开的程序串口多，关机重启 3、换台电脑再试一下程序 方法总比困难多。。 ...
2019-10-14 11:27:26
903
原创 网络数据维度，输入输出参数，读取数据的方式注意！！！
1、图像中专业名字 通道、维度、RGB、胡灰度、像素点、像素值、张量 2、数据路径+读取数据方式 os.getcwd()获取当前文件路径 os.path.join(string1,string2）string1路径下的string2文件名下的所有数据加载 import matplotlib.image as plt plt.imread()灰度图是二维；彩色图（RGB）是三维的 opencv读灰度...
2019-10-14 11:18:25
551
原创 numpy文件存取的函数
一、tofile()和fromfile() tofile()将数组中的数据以二进制格式写进文件 tofile()输出大的数据不保存数组形状和元素类型等信息 fromfile()函数读回数据时需要用户指定元素类型，并对数组的形状进行适当的修改 example:a=np.arange(0,10) a.tofile(“a.bin”) b = np.fromfile(“a.bin”,dtype = np....
2019-08-15 19:35:52
576
原创 #####比较恼火的阶段，记录一下memoryerror
问题描述： 一种图片，它的shape是，!这是输出的shape大小在这里插入图片描述，当使用img = io.imread(dir) img = np.array(img) im = Image.fromarray(img),这句会有错误发生，是数据溢出，各种百度找不到解决方法。。。。 接着我用裁剪，把它变小，发现数据也无法达到，出现索引越界，爆炸 ...
2019-08-07 21:14:55
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原创 医学图像比赛记录
知识积累： 期刊TMI:IEEE Transactions on Medical Imaging MIA:Medical Image Analysis 会议MICCAI:International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention9-10月 IPMI：Information Proce...
2019-08-02 10:05:46
449
原创 openslide安装问题
在wndows上安装与在Linux安装遇到的问题不一样，网上博客很多解决方法，但是针对linux的还没解决。 一、win上安装没有问题，下载二进制文件安装，再进行openslide安装链接可参考这个https://openslide.org/download/配置适合自己python版本的 二、linux上安装的问题，只安装对应的包肯定报错，还需要其它库，但是在环境为离线环境下，安装一些报就不那么...
2019-07-28 15:55:10
1332
原创 相关比赛网址及提交说明
2017年LiTS数据:https://drive.google.com/drive/folders/0B0vscETPGI1-Q1h1WFdEM2FHSUE 医学图像分割中需要dice+focal 与 dice+ce进行结果的对比。 2019年相关数据的准换xml—json可参考线上的网页转化，这只是针对单个文件的转换，若要进行批量转换则需要进行代码的阅读与编写，下面是我的一个例子： from ...
2019-07-23 17:29:41
558
转载 代码模型相关
神经网络模型中的相关问题转载 首先，看见checkpoint陌生又熟悉，这里有清晰的解答，鼠标放在函数名上，ctrl+B，或者ctrl+点击函数名，可以跳转到函数的定义，可以知道tf.train.get_checkpoint_state函数通过目录下的checkpoint文件找到checkpoint状态proto。 训练可能分成多次迭代，在迭代期间或者训练完成测试之前，需要将训练得到的参数保存到一...
2019-07-23 17:06:39
337
原创 学习小记
图像分割路线@TOC unet->3dunet>unet++ 首先是Python基础,参考廖雪峰学习网站https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0014316089557264a6b348958f449949df42a6d3a2e542c000，了解基础语法以及掌握，一定要自己动手写代码实现功能。。结合B站上的视频学习，当然编译器可以是Pycharm或者jup...
2019-02-26 11:26:48
376
空空如也
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