论文笔记
yangsss_
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论文复现:DeepDTA: deep drug–target binding affinity prediction Hakime
论文复现,只实现模型及5-fold交叉验证,论文模型,未实现参数优化以及baseline对比。数据读入:模型:文件结构:datahelper.py 改自官方发布的代码 import numpy as npimport jsonimport pickleimport mathfrom collections import OrderedDict# from keras.preprocessing.sequence import pad_sequences##..原创 2020-11-15 15:26:28 · 3203 阅读 · 3 评论 -
论文笔记:DeepDTA: deep drug–target binding affinity prediction Hakime
DeepDAT动机:药物靶标对相互作用的研究是新药物过程的重要过程,此前大多数研究集中于二分类,即药物-靶标是是相互作用,但是蛋白质配体的结合亲和力是连续值,预测该值是一个难题。之前也少数研究,是基于蛋白质-配体复合物的3D就或化合物的2D特征方法:本实验采用蛋白质和化合物的原始一维序列进行基于CNN的建模进行绑定亲和力的预测采用回归模型,能够预测相互作用强度的近似值×蛋白质-配体评分:×非机器学习方法:随机森林 --->失败,推测原因,...原创 2020-11-13 12:43:24 · 3634 阅读 · 0 评论