医学图像格式

主要介绍以下几种：

DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine，医疗中的数字图像和通信）

NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative，神经影像信息学技术计划）

NRRD（nearly raw raster data，近乎原始光栅数据）

一、DICOM

简介：它包含了文件格式的定义以及网络通信协议。几乎所有的东西出来都是DICOM，如CT、MR、X光、超声。DICOM不止存储了图像数据，还有重要的元数据，比如病人信息。

文件后缀：.dcm

打开软件：microdicom

python读写：pydicom，simpleitk

二、NIFTI

简介：.nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息，就需要一个额外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。因此，解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式。标准NIFTI图像的扩展名是.nii，也包含了头文件及图像资料。由于NIFTI格式和Analyze格式的关系，因此NIFTI格式也可使用独立的图像文件（.img）和头文件（.hdr）。单独的.nii格式文件的优势就是可以使用标准的压缩软件（如gzip）进行压缩，而且一些分析软件包（比如FSL）可以直接读取和写入压缩的.nii文件（扩展名为.nii.gz）。

打开软件：itk-snap

python读写：nibabel，simpleitk

获取和处理仿射矩阵：

# 仿射矩阵是对图像实现仿射变换的矩阵，仿射变换包括平移、放缩、旋转
# 3D图像的仿射矩阵大小为4*4，最后一行固定为[0,0,0,1]不起作用
# 第四列控制平移变换、主对角线控制放缩变换，affine[:3,:3]控制旋转变换
print(nii_image.affine)

三、NRRD

python读写：pynrrd，simpleitk

参考：

医学图像基本格式学习_Nightmare004的博客-CSDN博客_医学图像的格式

【2】NIFTI图像格式_Johnnay_Song的博客-CSDN博客_nifti格式